陰陽學說貫穿于中獸醫學理論體系的各個方面，用以說明動物體的組織結構，生理功能和病理變化，并指導臨床診斷和治療。
(一)生理方面
1．說明動物體的組織結構 動物體是一個既對立而又統一的有機整體，其組織結構可以用陰陽兩個方面來加以概括說明。就大體部分來說，體表為陽，體內為陰；上部為陽，下部為陰；背部為陽，胸腹為陰。就四肢的內外側而論，則外側為陽，內側為陰。就臟腑而言，則臟為陰，腑為陽；而具體到每一臟腑，又有陰陽之分，如心陽、心陰，腎陽、腎陰，胃陰、胃陽等等。總之，動物體的每一組織結構，均可以根據其所在的上下、內外、表里、前后等各相對部位以及相對的功能活動特點來概括陰陽，并進而說明它們之間的對立統一關系。
2．說明動物體的生理 一般認為，物質為陰，功能為陽，正常的生命活動是陰陽這兩個方面保持對立統一的結果。如《素問?生氣通天論》說：“陰者，藏精而起亟(亟，可作氣解)也；陽者，衛外而為固也。”就是說“陰”代表著物質或物質的貯藏，是陽氣的源泉；“陽”代表著機能活動，起著衛外而固守陰精的作用；沒有陰精就無以產生陽氣，而通過陽氣的作用又不斷化生陰精，二者同樣存在著相互對立、互根互用、消長轉化的關系。在正常情況下，陰陽保持著相對平衡，以維持動物體的生理活動，正如《素問?生氣通天論》所說：“陰平陽秘，精神乃治。”否則，陰陽不能相互為用而分離，精氣就會竭絕，生命活動也將停止，就像《素問?生氣通天論》中所說的“陰陽離決，精氣乃絕”。
(二)病理方面
1．說明疾病的病理變化 中獸醫學認為，疾病是動物體內的陰陽兩方面失去相對平衡，出現偏盛偏衰的結果。疾病的發生與發展，關系到正氣和邪氣兩個方面。正氣，是指機體的機能活動和對病邪的抵抗能力，以及對外界環境的適應能力等；邪氣，泛指各種致病因素。正氣包括陰精和陽氣兩個部分，邪氣也有陰邪和陽邪之分。疾病的過程，多為邪正斗爭引起機體陰陽偏盛偏衰的過程。
在陰陽偏盛方面，認為陰邪致病，可使陰偏盛而陽傷，出現“陰盛則寒”的病證。如寒濕陰邪侵入機體，致使“陰盛其陽”，從而發生“冷傷之證”，動物表現為口色青黃，脈象沉遲，鼻寒耳冷，身顫腸鳴，不時起臥。相反，陽邪致病，可使陽偏盛而陰傷，出現“陽盛則熱”的病證。如熱燥陽邪侵犯機體，致使“陽盛其陰”，從而出現“熱傷之證”，動物表現為高熱，唇舌鮮紅，脈象洪數，耳耷頭低，行走如癡等癥狀。正如《素問?陰陽應象大論》中所說：“陰勝則陽病，陽勝則陰病，陰勝則寒，陽勝則熱”。《元亨療馬集》中也有“夫熱者，陽勝其陰也”，“夫寒者，陰勝其陽也”的說法。
在陰陽偏衰方面，認為一旦機體陽氣不足，不能制陰，相對地會出現陰有余，發生陽虛陰盛的虛寒證；相反，如果陰液虧虛，不能制陽，相對地會出現陽有余，發生陰虛陽亢的虛熱證。正如《素問?調經論》所說：“陽虛則外寒，陰虛則內熱”。由于陰陽雙方互根互用，任何一方虛損到一定程度，均可導致對方的不足，即所謂“陽損及陰，陰損及陽”，最終可導致“陰陽俱虛”。如某些慢性消耗性疾病，在其發展過程中，會因陽氣虛弱致使陰精化生不足，或因陰精不足致使陽氣化生無源，最后導致陰陽兩虛。
陰陽的偏勝或偏衰，均可引起寒證或熱證，但二者有著本質的不同。陰陽偏勝所形成的病證是實證，如陽邪偏勝導致實熱證，陰邪偏勝導致實寒證等；而陰陽偏衰所形成的病證則是虛證，如陰虛則出現虛熱證，陽虛則出現虛寒證等。故《素問?通評虛實論》說：“邪氣盛則實，精氣奪則虛。”
2．說明疾病的發展 在病證的發展過程中，由于病性和條件的不同，可以出現陰陽的相互轉化。如“寒極則熱，熱極則寒”，即是指陰證和陽證的相互轉化。臨床上可以見到由表入里、由實轉虛、有熱化寒和由寒化熱等的變化。如患敗血癥的動物，開始表現為體溫升高，口舌紅，脈象洪數等熱象，當嚴重者發生“暴脫”時，則轉而表現為四肢厥冷，口舌淡白，脈沉細等寒象。
３．判斷疾病的轉歸 認為若疾病經過“調其陰陽”，恢復“陰平陽秘”的狀態，則以痊愈而告終；若繼續惡化，終致“陰陽離決”，則以死亡為轉歸。
(三)診斷方面 既然陰陽失調是疾病發生、發展的根本原因，因此任何疾病無論其臨床癥狀如何錯綜復雜，只要在收集癥狀和進行辨證時以陰陽為綱加以概括，就可以執簡馭繁，抓住疾病的本質。
1．分析癥狀的陰陽屬性 一般來說，凡口色紅、黃、赤紫者為陽，口色白、青、黑者為陰；凡脈象浮、洪、數、滑者為陽，沉、細、遲、澀者為陰；凡聲音高亢、洪亮者為陽，低微、無力者為陰；身熱屬陽，身寒屬陰；口干而渴者屬陽，口潤不渴者屬陰；躁動不安者屬陽，倦臥靜默者屬陰。
2．辨別證候的陰陽屬性 一切病證，不外“陰證”和“陽證”兩種。八綱辨證就是分別從病性(寒熱)、病位(表里)和正邪消長（虛實）幾方面來分辨陰陽，并以陰陽作為總綱統領各證(表證、熱證、實證屬陽證，里證、寒證、虛證屬陰證)。臨床辨證，首先要分清陰陽，才能抓住疾病的本質。故《素問?陰陽應象大論》說：“善診者，察色按脈，先別陰陽”。又如《元亨療馬集》說：“凡察獸病，先以色脈為主，……然后定奪其陰陽之病。”《景岳全書?傳忠錄》也說“凡診病施治，必須先審陰陽，乃為醫道之綱領，陰陽無謬，治焉有差?醫道雖繁，而可以一言蔽之者，曰陰陽而已。故證有陰陽，脈有陰陽，藥有陰陽……設能明徹陰陽，則醫道雖玄，思過半矣。”
(四)治療方面
1．確定治療原則 由于陰陽偏勝偏衰是疾病發生的根本原因，因此，瀉其有余，補其不足，調整陰陽，使其重新恢復協調平衡就成為診療疾病的基本原則。正如《素問?至真要大論》中說：“謹察陰陽所在而調之，以平為期。”對于陰陽偏勝者，應瀉其有余，或用寒涼藥以清陽熱，或用溫熱藥以祛陰寒，此即“熱者寒之，寒者熱之”的治療原則；對于陰陽偏衰者，應補其不足，陰虛有熱則滋陰以清熱，陽虛有寒則益陽以祛寒，此即“壯水之主以制陽光，益火之源以消陰翳”(見王冰《素問》注釋)的治療原則，但也要注意“陽中求陰”、“陰中求陽”，以使陰精、陽氣生化之源不竭。
2．用陰陽來概括藥物的性味與功能，指導臨床用藥 一般來說，溫熱性的藥物屬陽，寒涼性的藥物屬陰；辛、甘、淡味的藥物屬陽，酸、咸、苦味的藥物屬陰；具有升浮、發散作用的藥物屬陽，而具沉降、涌泄作用的藥物屬陰。根據藥物的陰陽屬性，就可以靈活地運用藥物調整機體的陰陽，以期補偏救弊。如熱盛用寒涼藥以清熱，寒盛用溫熱藥以祛寒，便是《內經》中所指出的“寒者熱之，熱者寒之”用藥原則的具體運用。
(五)預防方面 由于動物體與外界環境密切相關，動物體的陰陽必須適應四時陰陽的變化，否則便易引起疾病。因此，加強飼養管理，增強動物體的適應能力，就可以防止疾病的發生。正如《素問?四氣調神大論》所說：“春夏養陽，秋冬養陰，以從其根……逆之則災害生，從之則疴疾不起，……”。《元亨療馬集?騰駒牧養法》中也提出了“凡養馬者，冬暖屋，夏涼棚”，“切忌宿水、凍料、塵草、砂石……食之”的預防措施。此外，還可以通過春季放大血，灌四季調理藥等方法來調和氣血，協調陰陽，預防疾病。
