公元22年夏季，四月，王莽派遣太師王匡，更始將軍廉丹討伐東邊盜賊。樊崇等人聲勢日漸擴張，就相互約定：“殺人抵命，傷人養(yǎng)己。”其中最尊崇的稱號是三老，其次是從事，再次是卒史。等到聽說太師和更始將軍率軍來征討他們的消息，怕自己的部隊和王莽的軍隊在作戰(zhàn)時難以辨別，因此下令用朱砂涂抹雙眉，以資辨別，因此號稱赤眉。

王匡、廉丹聯合率領精兵十余萬人，軍紀敗壞，所經過的地方，不受任何約束，干盡壞事。東部地區(qū)百姓哭喊說：“寧愿遇到赤眉，也不愿遇到太師兵。太師兵還勉強可以，更始兵就要殺我！”綠林軍遇到瘟疫，死亡的將近一半，于是分兵離開了綠林山。王常、成丹等向西進入南郡，稱“下江兵”；王鳳、王匡、馬武及其部下朱鮪、張 等向北進入南陽，號稱“新市兵”。他們都自稱將軍。王莽派遣司命大將軍孔仁巡察豫州，派遣納言大將軍嚴尤和秩宗大將軍陳茂攻打荊州，各帶隨行官員一百多人，乘坐驛車，到轄區(qū)招募士兵。嚴尤對陳茂說：“派出將領不發(fā)給兵符，遇事一定要先請示然后才能行動，這猶如牽著獵犬而要求它去捉野獸。”

冬季，無鹽縣索盧恢等人占據縣城起兵造反，響應赤眉。廉丹和王匡攻陷無鹽，斬殺一萬多人。王莽派遣中郎將捧著加蓋了御璽的詔書去慰勞廉丹和王匡，進封二人為公，賜封有功的官員十多人。

赤眉軍別部校尉董憲等人的部隊幾萬人在梁郡活動，王匡想要進攻他們，廉丹認為剛攻下縣城，士兵疲勞，應當暫時讓士兵休息休息，以恢復戰(zhàn)斗力。王匡不聽，帶領軍隊前進，廉丹只好跟著他。兩軍在成昌地方會戰(zhàn)，王匡兵敗逃走。廉丹吩咐軍官拿著自己的印、綬帶和符節(jié)交給王匡，說道：“小兒可以逃走，我不可以！”廉丹堅持留下來，戰(zhàn)斗而死。校尉汝云和王隆等二十多人在另外的地方進行戰(zhàn)斗，聽到這個消息，都說：“廉公已經死了，我們還為誰活著！”飛馬沖向赤眉軍，結果戰(zhàn)死。

大將哀章，主動請求去平定崤山以東地區(qū)的起義軍，王莽派遣哀章趕往東部地區(qū)和太師王匡會合。又派遣大將軍楊浚防守敖倉；司徒王尋率領十余萬人駐守洛陽，鎮(zhèn)守南宮；大司馬董忠在北軍中壘營地訓練士兵騎射；大司空王邑被任命兼負三公的職責。

建武三年(公元27年)正月，馮異與赤眉軍約好交戰(zhàn)日期。馮異事先挑選些精兵，讓他們換上與赤眉軍一樣的服裝，埋伏在路旁。第二天，赤眉軍派出萬余人攻打馮異軍的正面，馮異只用少數軍隊增援。赤眉軍發(fā)現馮異人少勢弱，就全軍出動，攻打馮異，馮異才發(fā)兵同赤眉軍大戰(zhàn)。打到太陽偏西時，赤眉軍士氣衰落，路旁的馮異伏兵突然殺出來，因服裝相混，使赤眉軍不能分辨敵我，驚駭逃散。馮異率軍追擊，在崤谷大敗赤眉軍，降服男女八萬人。劉秀下詔書慰勞馮異說：“你開始雖然在回溪阪時受到挫折，可如今能在澠池發(fā)奮作為，彼時的失利得到了此時補償。我要給你論功行賞，以獎勵你的卓越功勛。”

赤眉軍的殘余部隊向東部的宜陽方向潰退。二月十七日，劉秀親率六軍，嚴陣以待。

赤眉軍忽然遇到大軍，驚慌害怕，不知所措，就派劉恭去請求投降，說：“劉盆子率百萬大軍投降陛下，陛下將如何對待他？”

劉秀說：“赦你們不死！”十九日，劉盆子及丞相徐宣以下共三十多人，袒露臂膀投降，把得到的傳國玉璽上繳。赤眉軍的兵器甲胄堆積在宜陽城西，與熊耳山一樣高。赤眉軍尚有十多萬人，劉秀令宜陽縣廚賜給他們食物。次日早晨，劉秀到洛水邊列陣大批兵馬，讓劉盆子君臣們列隊觀看。劉秀對樊崇等人說：“你們會不會后悔投降？我現在讓你們回到軍營，率兵鳴鼓再戰(zhàn)，決一勝負，不要勉強屈服。”

徐宣等人叩頭說：“我們從長安東都門出來，君臣就商議，要歸順陛下。對百姓來說，可以與他們享受成果，難以與他們籌劃，所以沒有告訴眾人。現在能夠投降，猶如脫離虎口回到慈母的懷抱，實在是歡喜，沒有什么悔恨的。”劉秀說：“你們可以說是鐵中的鋼，庸人中的佼佼者。”二十一日，劉秀從宜陽返回。劉秀令樊崇等人都與妻子兒女住在洛陽，賜給他們田宅。后來，樊崇、逄安又謀劃反叛，被殺；楊音、徐宣死在鄉(xiāng)里。劉秀可憐劉盆子，任命他為趙王的郎中。后來劉盆子得病，失明，劉秀把滎陽均輸官所屬之地賜給他，讓他終身享用該地的租稅。劉恭為了替劉玄報仇，殺了謝祿，自己捆綁入獄，劉秀下令赦免死罪。