改變腸道菌群有兩種途徑，即添加益生菌或益生元。益生元與益生菌都會影響腸道菌群的平衡，但影響的方式完全不同。益生元（Prebiotics）與益生菌（Probiotics）雖然只有一字之差，其實他們有本質上的區別：益生元作用于本已存在于腸內的菌群，而益生菌是外部添加的細菌。
何謂益生元？
益生元它是一種膳食補充劑。通過選擇性的刺激一種或幾種菌落中細菌的生長與活性，對寄主產生有益的影響，從而改善寄主健康的不可被消化的食品成分。常見益生元有低聚果糖、低聚半乳糖、菊粉等。尤其是菊粉里含有的菊粉多糖，更被稱為生命黃金元。目前已知菊粉是最好的水溶性膳食纖維素。
何謂益生菌？
益生菌是一種對我們身體健康有益的好細菌，可改善宿主腸道微生態平衡和增強健康。目前常用的益生菌主要有雙歧桿菌和乳酸桿菌兩種，是可以產生乳酸的腸道菌。
除了這點區別，還應該注意以下幾點：
1、成分上的不同
益生菌是有生物活性的細菌，益生元主要是無生物活性的糖類物質。
益生元主要是不能被宿主消化吸收的低聚糖類。通俗來講，益生元是不能直接被宿主消化吸收，而是維持益生菌的“養料”， 促進益生菌的生長繁殖，或者說是益生菌的專享食物。益生元能夠被腸道內有益細菌分解吸收，促進有益細菌的生長繁殖。
益生菌即有益菌，簡單來講，益生菌是指對人和動物有益的細菌。益生菌通過調理腸道菌群，維持腸道菌群的平衡，益生元就是益生菌的食物，想要腸道有益菌生長，就要給有益菌多吃食物，才能壯大。
2、作用方式不同
益生元是促進腸道有益菌的生長從而發揮間接作用，益生菌是直接作用。
益生元主要是低聚糖，是以未經消化的形式進入胃腸道，通過降低PH值，促進雙歧桿菌等益生菌的生長，間接地促進胃腸道健康和營養素的吸收。
益生菌是外源細菌，作用更直接。但是，它有較明顯的針對性，即針對不同的病因及體質，添加不同的菌種，如雙歧桿菌對胃腸道疾病有顯著功效等。
3、受胃酸環境的影響不同
在胃部強酸性的環境下，益生菌作為添加的外來細菌，其活性在一定程度上會受到胃酸的破壞，只有活著進入胃腸道的有益菌才能發揮功效；而益生元只是一種糖類，而不是生物，不存在存活率的問題。
4、免疫系統識別影響
免疫系統對于由外部而來的益生菌有識別的過程，當外部添加益生菌時，不同體質可能會產生不同的反應，而對于益生元來說則沒有這方面的問題。如果要長期調養腸胃的話，建議選擇不會產生免疫反應的益生元。
什么情況下，我們需要補充益生菌呢？
便秘、腹瀉、服用抗生素、飲食結構不合理，膳食纖維攝入少、出現濕疹等過敏性疾病、抵抗力差，經常感冒、咳嗽，呼吸道感染、幽門螺桿菌感染引起的胃炎、胃潰瘍等。
什么情況下需要補充益生元呢？
1、青少年時期容易暴飲暴食，也容易偏食和厭食，正值成長發育黃金階段，此時必須補充營養豐富的食物，若適當補充益生元，可鞏固胃腸道功能。
2、現代人交際應酬多，精神壓力大，喜好“三高”的快餐和垃圾食品，頻繁夜生活而造成睡眠不足，加上飲食不均衡，極易造成腸道菌群失調，形成胃腸疾病。此時應該補充益生元，尤其有習慣性便秘者更應及時補充調理，而且要調整好心態，不能急于求成，立竿見影。
3、人一旦進入老年期，消化系統和內分泌系也隨之減弱，胃腸動力不足，所以導致糞便形成時間過長，糞便內水分被過度吸收，造成便秘;還會導致解毒功能下降，不僅增加肝臟的負擔，而且如果進入循環系統，就會導致其他重要器官受損，造成全身慢性中毒，引發慢性疾病，如動脈硬化、高血壓、糖尿病等。此外，腸道內有益菌的大量流失，也加速了機體的衰老。此時，需每天堅持補充益生元。
