自然人股權轉讓，屬于個人所得稅征收范圍，適用“財產轉讓所得”項目。
財產轉讓所得，是指個人轉讓有價證券、股權、合伙企業中的財產份額、不動產、機器設備、車船以及其他財產取得的所得。
那么，具體到個人轉讓股權，是以股權轉讓收入減除股權原值和合理費用后的余額為應納稅所得額，按“財產轉讓所得”繳納個人所得稅，稅率百分之二十。
也就是說，對于個人股權轉讓來講，計算個人所得稅應納稅所得額，涉及三個因素：股權轉讓收入、股權原值、合理費用，我們分別來講。
一、股權轉讓收入
經常有人問，個人轉讓股權，收入按照注冊資本還是實繳出資計算？
事實上，二者皆可能不是。
例如：張三成立了甲有限責任公司（只有張三一名股東），注冊資本1000萬元，張三已經實際出資200萬元。張三將此股權以500萬元，轉讓給李四。截止轉讓時，雖然張三實際拿到公司200萬元，但甲公司通過經營，已經實現凈利潤200萬元，且全部留存于公司，并未分配；甲有限責任公司經營項目市場行情看好。因此，張三、李四對于500萬元成立價格皆感滿意。
這種情形下，張三“股權轉讓收入”即為500萬元。也就是說，股權轉讓收入，是指轉讓方因股權轉讓而獲得的現金、實物、有價證券和其他形式的經濟利益。這兒是個“實際成交”概念。
針對實務中常有人問的幾個情形，我們分析一下。
（一）按照1000萬元成交行不行？
事實上，“1000萬元”與“500萬元”沒有本質不同，只是數量不同而已。打個比方，如果上述例子中，甲公司通過經營，已經實現凈利潤700萬元，全部留存于公司，且經營項目市場行情看好，則1000萬元成交也屬正常。
（二）按照200萬元成交行不行？
假如張三經營甲公司，恰好一分錢未掙，但也沒賠，那么200萬元轉讓出去，也是正常價格。
（三）100萬元成交行不行？
可能行，也可能不行。
此處需要再次強調一點，“股權轉讓收入”是個“實際成交”概念，不是估摸著稅務機關能夠接受多少，按照某個會計數據報給稅務機關的。不是“實際成交”金額，那當然不行（稅務機關依法核定情形除外）；但是，“實際成交”也未必都行。
符合下列情形之一，視為股權轉讓收入明顯偏低，若無正當理由，主管稅務機關可以核定股權轉讓收入：
（一）申報的股權轉讓收入低于股權對應的凈資產份額的。其中，被投資企業擁有土地使用權、房屋、房地產企業未銷售房產、知識產權、探礦權、采礦權、股權等資產的，申報的股權轉讓收入低于股權對應的凈資產公允價值份額的；
（二）申報的股權轉讓收入低于初始投資成本或低于取得該股權所支付的價款及相關稅費的；
（三）申報的股權轉讓收入低于相同或類似條件下同一企業同一股東或其他股東股權轉讓收入的；
（四）申報的股權轉讓收入低于相同或類似條件下同類行業的企業股權轉讓收入的；
（五）不具合理性的無償讓渡股權或股份；
（六）主管稅務機關認定的其他情形。
如上所述，假如張三實際出資200萬元，卻因為經營虧損，實際公司已經虧了100萬，所以才按100萬元轉讓給王五，而由張三、王五皆可接受。但依照稅法規定，這屬于“股權轉讓收入低于初始投資成本或低于取得該股權所支付的價款”，此“股權轉讓收入”未必能夠得到稅務機關認可。
有人說了，上面不是說了，“若無正當理由”，才需要核定嗎？經營虧損難道不是“正當理由”？稅法上，還真不是。那么，稅法上的“正當理由”有哪些呢？
符合下列條件之一的股權轉讓收入明顯偏低，視為有正當理由：
（一）能出具有效文件，證明被投資企業因國家政策調整，生產經營受到重大影響，導致低價轉讓股權；
（二）繼承或將股權轉讓給其能提供具有法律效力身份關系證明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孫子女、外孫子女、兄弟姐妹以及對轉讓人承擔直接撫養或者贍養義務的撫養人或者贍養人；
（三）相關法律、政府文件或企業章程規定，并有相關資料充分證明轉讓價格合理且真實的本企業員工持有的不能對外轉讓股權的內部轉讓；
（四）股權轉讓雙方能夠提供有效證據證明其合理性的其他合理情形。
比如說，王五是張三的外孫，那么這個100萬元成交價格就可以作為“股權轉讓收入”了。
未完待續……
