這個問題的思路很有趣。提問者困惑的不是「為什么有人不信中醫」，而是「不信中醫的人為什么要反中醫」，仿佛在說：「你不『信』它沒關系，但是干嘛要『反』它呢？」這背后的預設是：對一件事情「信不信」與「反不反」，是完全可以——而且本來應該——分割開來的兩種態度；倘若二者發生了關聯，便是一件值得奇怪的事情。
但是什么叫做「不信x但也不反x」呢？乍看起來，說「我不信某某說法」，不就意味著「我認為某某說法是錯誤的」，于是不就意味著「我反對某某說法」嗎？如果「不反」某個說法，怎么還能叫「不信」它呢？比如假如一個科學家聲稱「我不相信地心說的正確性，但我也不反對地心說的正確性」，我們恐怕會覺得非常莫名其妙吧。
其實當我們說「不信x但也不反x」時，要么這里的「不信x」不是真的不信x，要么這里的「不反x」不是真的不反x。
什么叫不是真的不信x？舉個例子，你考試時在一道單選題上卡了殼，已經確定排除了A和D，卻不知道該選B還是選C，總覺得B有B的道理，C也有C的道理。你猶豫了半天，最后感覺B是正確答案的可能性似乎要大那么一些，于是一咬牙一狠心選了B。從你選B這點上看，你似乎是「相信」B正確、C錯誤的了；但是你真的「反對」C嗎？恐怕未必。這里的關鍵，在于你此處的「信」其實并非真信，而是「半信半疑」（或者比如「百分之六十信、百分之四十疑」），只不過你在半信半疑的兩個選項中，對B的「信心程度」略高于C而已。換句話說，這類情況其實并非「不信x但也不反x」，而是「既不確信『x對』也不確信『x不對』，因此不反對存在『x對』的可能性」。
另一方面，什么叫不是真的不反x？比如在日常生活中，常有無神論者聲稱「我不信宗教但也不反宗教」，表面上看符合「不信x但也不反x」的形式，但真正的意思其實是「我不信宗教但也不反對別人信宗教」、或者「我不信宗教但也不反對傳教活動」等等。這里「反不反」的對象已經不再是「信不信」的對象了，可以表示成「不信x，同時不反對基于x的某個做法y（y= 『別人信x』、『別人傳播x』等等）」。
當然，這里的「反對別人信x（或者傳播x）」并不是說要強行剝奪別人的思想自由和信仰自由，而是說通過交流與爭論說服別人認識到x的錯誤、從而放棄對x的信念。那么我們在什么時候可以（或者應當）明知x是錯的、卻還拒絕說服別人認識到x是錯的呢？唯一的辦法是通過對比「別人相信x（盡管x是錯的）」和「說服別人放棄x信念」這兩件事的正負外部性來判斷。
比如有人可能覺得，爭論雖然有助于澄清真相，但也容易造成人際關系緊張，甚至群體之間的對立，弊大于利；又比如有的無神論者可能覺得，「上帝存在」的信念雖然是錯的，但一來這種錯誤觀念植根于人類「超活躍能動性偵測（hyperactive agency detection）」等心理機制，無法連根拔除，二來它確實能夠為許多苦難中人提供精神慰藉，因此應予寬容；等等。
同時，既然「是否應該說服別人放棄基于錯誤信念x的做法y」依賴于相應的利弊判斷，那么當利弊關系發生變化時，相應的結論自然也要跟著變化。比如一個無神論者可能不反對「傳教」，但反對「政教合一」，因為在其看來后者的禍患遠遠超出前者。
回到中醫的問題上來。當我們問「不信中醫的人為什么要反中醫」時，這里的「反中醫」究竟是指什么呢？如果指的僅僅是「不接受『中醫是一套根本上正確可靠的醫學理論與實踐體系』這種觀點」，那么任何真正「不信中醫」的人（而不是那些「對中醫半信半疑」的人）都應該在這種意義上「反中醫」。
當然，很多人口中的「反中醫」，指的是并不僅僅是觀點上對中醫不接受，而是在言論上主動抨擊中醫，和在行動上力圖阻止中醫地位的提高與勢力的擴張，比如「反對身邊親友生病時看中醫」、「反對有關部門抬高中醫地位」、「反對有關部門出臺規定『鼓勵西醫離職學習中醫』」等等。
這同樣很好理解：由于醫學理論和實踐本身具有高度的外部性，如果你真的「不信中醫」（而不是僅僅「半信半疑」），就應該非常明白，在當代中國，中醫地位的提高與勢力的擴張，造成的負面后果遠遠大于正面；尤其在各路糟粕假「傳統文化」之名卷土重來的年代，「反中醫」更成為了一項刻不容緩的艱巨任務。
中醫明明是有效的為什么那么多人反對？
題主提問時預先假設了「中醫明明有效」，但是什么叫有效呢？怎么證明一種醫學理論或醫學實踐有效呢？最一目了然的例子大概是「藥到病除」。但是對于沒有辦法「藥到病除」的慢性疾病，或者病灶復雜、病情反復的患者，我們怎么知道所采用的治療手段確實對癥？退一步說，即便是在「藥到病除」的案例里，我們怎么知道「病除」確實是「藥到」的結果，而不是別的原因所致？
比如我們現在知道，像普通感冒、口腔單純皰疹（俗稱的「嘴里上火起泡」）等等都是自限性的病毒疾病，只要不引起并發癥，就算不用藥也會在幾天內自行好轉；再比如傳統上用丹砂（包括「小兒驚風散」等含丹砂的藥物）「治療」小兒夜啼，實際上是通過令嬰兒汞中毒后陷入半昏迷狀態，以表現出看似「安神鎮定」的效果。類似的例子還有很多。
舉這些例子，并不是想說中醫的任何藥物、任何治療手段都一定無效。事實上，包括中醫在內的各種傳統醫學，在幾千年的發展過程中，多多少少都積累了許多關于特定病癥、特定藥物、特定治療手段的經驗，而這些經驗中也一定有某些是「有效」的。
但是問題在于，一種醫學要成為醫「學」，并不能僅僅停留在經驗層面的簡單堆積，而必須將這些經驗理論化，揭示特定經驗素材背后的深層因果機制，并將這些機制推廣運用到更廣泛的案例中去。換句話說，僅僅知道「我們積累的諸多經驗中一定有某些是有效的」是遠遠不夠的；如果沒有理論的支撐，我們無從確鑿地得知究竟哪些經驗真正有效、哪些經驗遭到了其它變量混淆，也無從得知前一類經驗究竟出于什么原因而有效、在哪些限定條件下有效、能夠運用到未來的哪些案例中。
所以任何一種醫學，最終都要上升到理論層次，而我們對其有效性的辯護，也同樣必須上升到「理論有效性」的層次，決不能停留在「這個經驗素材確實有效、那個經驗素材確實有效」的地步。
而一旦上升到理論的層次，中醫的弱點便暴露無遺了。與其它社會與文化中的古代醫學一樣，中醫理論是在前現代背景下根據既有經驗素材提出的假說，這些假說缺乏必要的現當代科學發現（比如微生物理論、生物化學、基因學說等等）作為支撐，在理論構造的過程中只能以素樸宇宙論和原始的巫術交感思維作為基本元素，圍繞天地陰陽、四時五行、氣血寒熱、形近相補、以毒攻毒之類含混玄奧的概念或原則來大做文章（或者說大開腦洞）。類似情況在現代醫學昌盛之前的西方社會也屢見不鮮，比如直到十九世紀，「順勢療法」還在歐美大行其道，其后經醫學界的集體揭批才逐漸衰落。
在理想情況下，一個現代社會本該能夠心平氣和地面對陳舊的傳統，不是一味護短，而是勇于舍棄已與現代科學漸行漸遠的傳統醫學理論，用現代醫學思維全面檢視過往積累的經驗素材（比如《上海書評》先后刊登的《王家葵談中國古典文學中的藥物》http://ibook.ifeng.com/18371_5/news.shtml、《王家葵談中國古典文學中的毒藥和解藥》http://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_1743536兩文，就是利用現代藥學知識對傳統中醫本草學進行重新整理和檢視的范本）。只不過我國自清末以降，「中醫/西醫」概念與民族主義之間的緊密聯系，為這場本該聚焦于科學層面的爭論平添了不少政治色彩，直到如今仍在掀起無謂的波瀾，實在可嘆。
