在動物界，決定性別分工的法兒有很多。比如靠環境溫度決定的鱷魚，靠社會地位決定的小丑魚，靠碰沒碰見朋友決定的海蛞蝓，還有些動物根本談不上決定，可以變來變去。
一群小丑魚里只有最大個兒的是雌性，其余都是雄性，向后臺回復“小丑魚”可以看更多。圖片：Leszek.Leszczynski / flickr
只有一部分動物選擇了遺傳決定，其中的一部分又固化為性染色體差異，這其中的一小部分選擇了XX-XY的染色體決定機制，比如人類。
那么，為什么X、Y染色體形態不同呢？
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這要從XY性別決定系統的由來說起。
在不確定多久以前（可能是3億，也可能是1.7億），哺乳動物的祖先獲得了一個性別決定基因。如果有這個基因，個體就是雄性；沒有，就是雌性。這是個顯性基因。
今天，我們稱性染色體里含有這個基因的為Y，不含的是X。那個時代，X和Y長得還差不多。
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但這個基因一誕生，就注定是要被疏遠的命。因為雌性和雄性有不同的生理特征，可能有不同的行為特征，對后代的利益評價也不一樣。所以對于雄性而言的好基因，對雌性可能是差的；反之亦然。
一般而言，同源染色體是經常重組的，一個基因經常從一條跑到另一條的同源位點上去。但是當Y染色體上的基因跑到了X染色體的同源位點上，可能就把適合雄性的基因硬塞給了雌性……基于前面的理由，這樣的重組不會有好結果。所以自然選擇逐漸阻斷了X和Y之間的重組。
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但是，重組是有用的，它能防止基因的“惡性搭便車”。重組的減弱，會導致壞的突變篩選不掉，好的基因也被拖累。Y染色體就是如此。
現在Y的重組能力大減（只有末端可以粘在X上，還有部分片段可以自己和自己勉強重組），Y染色體上管用的基因越來越少，自身的長度也越來越短。有一項估計是，當初它有1438個有效基因，現在1393個都報廢了，真是被這個性別決定基因害慘了！
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而X還好好的，無他，就是因為女性身體里還有XX可配對，而Y卻一輩子遇不到另一個Y。一個X染色體可以一直呆在女性身體里，即使到男性身體里客串一次也不會超過一代的時間，不至于出現大問題。
到頭來，唯一的區別只有一條：性別決定基因是顯性的。Y是這個顯性基因的攜帶者，于是，它矬了。
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