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2022諾獎(jiǎng)首發(fā)花落人類進(jìn)化遺傳學(xué)研究,瑞典古遺傳學(xué)開拓者獲獎(jiǎng),揭示人類因何獨(dú)特



北京時(shí)間 10 月 3 日下午 5 點(diǎn) 30 分,2022 年諾貝爾生理學(xué)或醫(yī)學(xué)獎(jiǎng)評(píng)選結(jié)果揭曉——諾貝爾委員會(huì)宣布,將此獎(jiǎng)項(xiàng)頒發(fā)給斯萬(wàn)特·帕博(Svante P??bo),“以表彰他在已滅絕古人類基因組和人類進(jìn)化方面的發(fā)現(xiàn)。”

Svante P??bo 于 1955 年 4 月 20 日出生于瑞典斯德哥爾摩,其父親是 1982 年諾貝爾生理學(xué)與醫(yī)學(xué)獎(jiǎng)得主 Sune Karl Bergstr?m (蘇恩·伯格斯特龍)。1986 年,他在烏普薩拉大學(xué)通過(guò)博士論文答辯,并先后在瑞士蘇黎世大學(xué)和美國(guó)加州大學(xué)伯克利分校從事博士后研究。1990 年,他成為德國(guó)慕尼黑大學(xué)的教授。1999 年,他在德國(guó)萊比錫創(chuàng)立了馬克斯普朗克進(jìn)化人類學(xué)研究所并擔(dān)任所長(zhǎng),同時(shí)他也是日本沖繩科學(xué)技術(shù)學(xué)院的兼職教授。此外,他還是美國(guó)、瑞典等國(guó)家科學(xué)院院士。

1992 年,Svante P??bo 獲德國(guó)科學(xué)基金會(huì)頒發(fā)的戈特弗里德·威廉·萊布尼茨獎(jiǎng);2007年,被評(píng)為 TIME 全球最有影響力百人之一;2008年,被 New Scientist 評(píng)為 8 位年度科學(xué)英雄之一。


起源:開創(chuàng)古基因組學(xué)研究

 

人類一直對(duì)自身的起源很感興趣。我們來(lái)自哪里?我們與古時(shí)的先人有什么關(guān)系?是什么造成了智人與人族其它物種的差異?

Svante P??bo 通過(guò)其開創(chuàng)性研究獲得了突破性的成就:他對(duì)尼安德特人(Homo neanderthalensis,現(xiàn)代人類已滅絕的近親之一)的基因組進(jìn)行測(cè)序,還轟動(dòng)地發(fā)現(xiàn)了此前未知的古人類人種丹尼索瓦人。重要的是,P??bo 還發(fā)現(xiàn),在大約 70,000 年前遷出非洲之后,這些現(xiàn)已滅絕的古人類基因流向了智人,并且其基因與現(xiàn)代人類具有生理相關(guān)性,例如影響我們的免疫系統(tǒng)對(duì)感染的反應(yīng)。

P??bo 的開創(chuàng)性研究催生了一門全新的科學(xué)學(xué)科——古基因組學(xué)。通過(guò)揭示現(xiàn)代人類與已滅絕的古人類之間的遺傳差異,他的發(fā)現(xiàn)為探索現(xiàn)代人類在基因?qū)用嫔系莫?dú)特性奠定了基礎(chǔ)。

我們的起源,以及是什么讓我們與眾不同的問(wèn)題自古以來(lái)就一直吸引著人類。古生物學(xué)和考古學(xué)對(duì)于人類進(jìn)化的研究很重要。


研究提供的證據(jù)表明,解剖學(xué)上的現(xiàn)代人類大約在 30 萬(wàn)年前首次出現(xiàn)在非洲,而我們已知的最近親屬尼安德特人在大約 40 萬(wàn)年前到 3 萬(wàn)年前間在非洲以外地區(qū)發(fā)展,居住在歐洲和西亞。大約 7 萬(wàn)年前,一群智人從非洲遷移到中東,然后從那里遷移到世界其他地方。因此,智人和尼安德特人在歐亞大陸的大部分地區(qū)共存了數(shù)萬(wàn)年。

但是我們對(duì)我們自己與已滅絕的尼安德特人的關(guān)系了解多少?線索可能來(lái)自基因組信息。到 1990 年代末,幾乎整個(gè)人類基因組已完成測(cè)序。這是一項(xiàng)相當(dāng)大的成就,這使得后續(xù)研究不同人類種群之間的遺傳關(guān)系成為可能。然而,研究當(dāng)今人類與已滅絕的尼安德特人之間的關(guān)系需要對(duì)從古代標(biāo)本中回收的基因組 DNA 進(jìn)行測(cè)序。


發(fā)現(xiàn):利用現(xiàn)代遺傳學(xué)方法完成古人類基因組測(cè)序


在其職業(yè)生涯的早期,Svante P??bo 對(duì)于利用現(xiàn)代遺傳學(xué)方法研究尼安德特人 DNA 的工作十分著迷。然而,他很快意識(shí)到了技術(shù)局限性所帶來(lái)的挑戰(zhàn)。隨著時(shí)間的推移,DNA 會(huì)被化學(xué)修飾并降解成短片段。幾千年后,只剩下微量的 DNA 能夠用于研究,并且這些殘余的DNA還大量被細(xì)菌和當(dāng)代人類的 DNA 污染(圖 1)。

作為進(jìn)化生物學(xué)領(lǐng)域的先驅(qū) Allan Wilson 的博士后學(xué)生,P??bo 投身于開發(fā)用于研究尼安德特人 DNA 的方法,該項(xiàng)工作持續(xù)了幾十年。

圖1| DNA 位于細(xì)胞內(nèi)的兩個(gè)不同區(qū)域


1990 年,P??bo 被慕尼黑大學(xué)聘為新任教授,繼續(xù)從事古代的 DNA 研究工作。他計(jì)劃分析來(lái)自尼安德特人的線粒體 DNA。盡管線粒體中的基因組有限,僅包含細(xì)胞中遺傳信息的一小部分,但它存在數(shù)千個(gè)拷貝,使得成功的機(jī)會(huì)大大增加。

憑借 P??bo 設(shè)計(jì)的精巧方法,他從一塊 40,000 年前的尼安德特人骨頭中成功測(cè)序了一段線粒體DNA。因此,人類第一次獲得了來(lái)自已滅絕“近親”的基因組序列。該序列與現(xiàn)代人類和黑猩猩之間的序列比對(duì)顯示了尼安德特人在基因上的不同之處。

由于對(duì)線粒體基因組的分析只能獲得有限的信息,P??bo 如今承擔(dān)了對(duì)尼安德特人細(xì)胞核基因組測(cè)序的任務(wù)。創(chuàng)立馬克斯普朗克研究所后,P??bo 和他的團(tuán)隊(duì)不斷改進(jìn)從古骨遺骸中分離和分析 DNA 的方法。研究團(tuán)隊(duì)利用新技術(shù)的發(fā)展,使 DNA 測(cè)序變得高效。

P??bo 還聘請(qǐng)了幾位具有群體遺傳學(xué)和高級(jí)序列分析專業(yè)知識(shí)的合作伙伴。P??bo 完成了看似不可能的任務(wù),并在 2010 年發(fā)表了第一個(gè)尼安德特人基因組序列。序列比對(duì)表明,尼安德特人和智人最近的共同祖先大約生活在 80 萬(wàn)年前。

圖2| P??bo 從已滅絕的人類骨骼標(biāo)本中提取 DNA


P??bo 和他的同事現(xiàn)在可以深入研究尼安德特人與世界其他地區(qū)的現(xiàn)代人類之間的關(guān)系。序列比對(duì)結(jié)果表明,與起源于非洲的現(xiàn)代人類基因組相比,尼安德特人的 DNA 序列與起源于歐洲或亞洲的現(xiàn)代人類序列更為相似。這意味著尼安德特人和智人在他們數(shù)千年的共存期間進(jìn)行了異血緣交配。在如今具有歐洲或亞洲血統(tǒng)的現(xiàn)代人類中,大約 1-4% 的基因組來(lái)自尼安德特人(見圖 2)。

2008 年,在西伯利亞南部的丹尼索瓦洞穴中發(fā)現(xiàn)了一塊 4 萬(wàn)年前的人手指骨碎片。這塊骨頭含有保存得非常完整的 DNA,P??bo 的團(tuán)隊(duì)對(duì)其進(jìn)行了測(cè)序,結(jié)果引起轟動(dòng):與尼安德特人和現(xiàn)代人類的所有已知序列相比,丹尼索瓦人的 DNA 序列是獨(dú)一無(wú)二的。

由此,P??bo 發(fā)現(xiàn)了一種此前不為人知的古代人種,并將其命名為丹尼索瓦人。與來(lái)自世界不同地區(qū)的當(dāng)代人類的序列比較表明,丹尼索瓦和智人之間也曾發(fā)生基因流動(dòng)(gene flow)。這種關(guān)系首次出現(xiàn)在美拉尼西亞和東南亞其它地區(qū)的人群中,這些地區(qū)人群攜帶高達(dá) 6% 的丹尼索瓦人 DNA。

P??bo 的發(fā)現(xiàn)使人們對(duì)我們的進(jìn)化史有了新的認(rèn)識(shí)。在智人遷出非洲的時(shí)候,至少有兩個(gè)目前已滅絕的人類種群居住在歐亞大陸。尼安德特人生活在歐亞大陸西部,而丹尼索瓦人則居住在該大陸的東部地區(qū)。 在智人向非洲以外的擴(kuò)張和向東遷移的過(guò)程中,他們不僅遇到了尼安德特人并與之進(jìn)行了異血緣交配,還與丹尼索瓦人進(jìn)行了異血緣交配(見圖 3)。


應(yīng)用:解析人類進(jìn)化和遷移

上文提到,通過(guò)其開創(chuàng)性研究,Svante P??bo 建立了一個(gè)全新的科學(xué)學(xué)科—— 古基因組學(xué)。此后,他的團(tuán)隊(duì)陸續(xù)完成了其它一些對(duì)已滅絕人類的基因組序列的分析。P??bo 的發(fā)現(xiàn)建立了一種獨(dú)特的資源,被科學(xué)界廣泛用于更好地了解人類進(jìn)化和遷移。
 
用于序列分析的新方法表明,古人族也可能與非洲的智人異血緣交配。然而,由于熱帶氣候加速古代 DNA 的降解,尚未實(shí)現(xiàn)對(duì)非洲已滅絕古人類的基因組的測(cè)序。
 
基于 Svante P??bo 的發(fā)現(xiàn),科學(xué)家們現(xiàn)在了解到已滅絕親屬的古老基因序列會(huì)影響當(dāng)今人類的生理機(jī)能。一個(gè)例子是,丹尼索瓦人的EPAS1 基因賦予了這些人在高海拔地區(qū)生存的優(yōu)勢(shì),這在當(dāng)今的藏人中很常見。另一個(gè)例子是,尼安德特人基因會(huì)影響人類對(duì)不同類型感染作出的免疫反應(yīng)。

圖3 | P??bo 的發(fā)現(xiàn)提供了有關(guān)智人從非洲遷移到世界其他地方時(shí)世界人口分布情況的重要信息

整體來(lái)看,智人(Homo sapiens)的特點(diǎn)是其創(chuàng)造復(fù)雜文化、先進(jìn)創(chuàng)新和具象藝術(shù)的獨(dú)特能力,以及穿越開闊水域并遷徙到地球各個(gè)地方的能力(圖 4)。尼安德特人同樣群居生活,擁有很大的大腦。他們也使用工具,不過(guò)在數(shù)十萬(wàn)年的時(shí)間里開發(fā)的工具很少。 直到通過(guò) P??bo 的開創(chuàng)性工作才確定了智人與已滅絕的近親種族之間的遺傳差異 。當(dāng)前正在進(jìn)行的研究側(cè)重于分析這些差異的功能影響,最終目標(biāo)是解釋人類因何獨(dú)特。

▲圖 | P??bo 的開創(chuàng)性工作為人類的獨(dú)特提供了理論基礎(chǔ)

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