鍾南山表示，中醫有幾千年的悠久歷史，并且老百姓愿意接受，必然有非常精華的東西。現在中醫是需要更多保護，但不能再過五十年還是講「保護」。瀕危的東西才要保護，中醫不應該是瀕危的。
他認為，這四、五十年來，中醫的發展并不是很好，因為它的研究方法沒有更新，還停留在經驗醫學階段。老中醫因為很有經驗，所以會有很多人找他看病，但他在循證醫學方面也許做得并不好。
據悉，循證醫學（evidence-based medicine, EBM）的思想起源于19世紀中葉，其核心思想是醫療決策應建基于臨床研究的實證基礎之上。鍾南山認為，中醫應更多地采用現代醫學的觀點，對中藥應盡可能找出其有效成分，提取出來，對攻破一些病癥會有幫助。
鍾南山覺得，中醫的哲學思想跟西醫不太一樣，不要勉強中西醫結合，讓它們各自發展。兩者各有各的特長，應該是各自發展，共同進步，取長補短。
中醫研究的方式要進一步改進，不要還是停留在經驗醫學，要采用現代醫學的觀點。中醫界現時有人認為用西醫的方法研究中醫就是破壞了中醫的傳統，他不完全同意這個看法。
