公元前331年，亞歷山大最早任命波斯人馬扎亞斯擔任巴比倫尼亞總督。此后正式開創了與原波斯統治階級的合作路線。在他統治期間，擔任過總督的波斯人或伊朗系人共十六人，不過他們不斷地被替換、解任或處死，在亞歷山大逝世時仍擔任總督的只有三人。
縱觀總督更換的理由，因逝世或者本人申請辭職的有三人（包括馬扎亞斯），原因不明的有四人。因政治原因被免職或者處刑的，到公元前326年為止有四人，公元前325年成為大清洗對象的有四人。其中，波西斯總督歐克西尼斯因掠奪神殿及非法對待波斯人而被處以絞刑，卡曼尼亞總督阿斯帕斯特則被懷疑趁亞歷山大遠征印度期間策劃陰謀而被處刑，而蘇西安那總督阿布萊提斯與兒子歐克薩斯瑞斯二人因實行暴虐統治而被處刑。
至亞歷山大逝世仍在位的波斯人或伊朗系人總督僅有三人，他們的共同點是對亞歷山大忠心耿耿，這其中包括了亞歷山大妻子羅克珊娜的父親——時任為帕洛帕米薩達總督的奧克夏特斯。
總而言之，因政治原因被免職或被告發的波斯人總督共計八人，其中至少有五人被處刑。為什么亞歷山大要實行如此大規模的肅清呢？
根據亞歷山大傳記載，這些總督都深信遠征印度的亞歷山大不可能再回來，即使回來也不可能平安無事地穿越格德羅西亞沙漠，這些預測助長了他們濫用職權的違法行為。對亞歷山大而言，相比他們的違法行為，更罪不可恕的是他們竟然認為自己不可能再回來。因此對于告發，亞歷山大采取了極其嚴厲的態度對待，就算他們犯下的只是輕罪也會嚴懲，以此殺雞儆猴。
現存的亞歷山大傳畢竟出自希臘人、羅馬人之手，書中記錄對波斯總督有偏見也實屬正常。但是我們也有必要從另一個側面來仔細審視他們所處的狀況，我們應思考，為什么亞歷山大無法令波斯總督們對他保持忠誠呢？
原本阿契美尼德王朝的總督們在各自的行省內總攬行政、軍事、財政等大權。只有各行省首府的城池守衛隊是例外，其隊長由國王直接任命，只效忠于國王。與此相比，亞歷山大只賦予波斯總督行政權，把軍事和財政權分離出來委任給馬其頓人或者任命馬其頓人的監督官。
例如，巴比倫尼亞的總督是馬扎亞斯，而巴比倫的城池守衛隊隊長、駐留軍指揮官、貢租征收官分別由馬其頓人擔任；蘇西安那的總督是阿布萊提斯，而蘇薩的城池守衛隊隊長、駐留軍指揮官、寶物管理均由馬其頓人擔任。帕提亞·希爾卡尼亞的總督是阿明那斯皮斯，帕洛帕米薩達的總督是普羅阿克瑟斯，但在兩地分別設置了監督官。雖然現存史料沒有記載全部行省的情況，但是不難發現整體上有這樣的傾向：相較于阿契美尼德王朝，亞歷山大時代的總督在權限上受到了很大的限制，這必然引起他們的不滿。那位被定為掠奪神殿罪的波斯總督，可能正是因為征稅權被剝奪，為了獲取新的收入來源所以才把手伸向了神殿。因為統治權限的問題，他們甚至還可能與馬其頓軍指揮官和監督官發生過沖突。
還有一點與阿契美尼德王朝時代不同的是，國王與總督間的個人紐帶斷裂了，兩者間的政治平衡崩潰。總督們或是王族，或通過姻親關系與王室聯結在一起，他們與波斯國王間的個人紐帶保證了他們在統治階級中的地位。他們向波斯國王進貢以表忠誠，波斯國王也會賞賜他們禮物。這些賞賜便是波斯國王對他們信賴的證明，同時也會提高他們的威信。這種授受關系通過宮廷儀式確定下來并且每年反復上演，實現相互間紐帶的再次確認。另外，總督們在各自行省的首府擁有自己的宮殿和狩獵庭園，他們與下屬間也建立了這種與波斯國王之間相同的關系。
因亞歷山大率領遠征軍不斷向東推進，所以不可能像波斯國王一樣巡視首都，也不可能在每年例行的帝國儀式中現身。正如第五章所述，亞歷山大確實繼承了波斯式的宮廷禮儀和王權視覺化的表現，但說到底，他只把這些形式保留在宮廷范圍內而已。隨著東征的推進，他的身姿也在總督們的視野里漸行漸遠。由此可知，不僅波斯總督們的權限受到嚴重的限制，他們與國王間傳統的授受關系甚至也被切斷，因此也就不可能忠于亞歷山大。
亞歷山大在統治原波斯所屬地域時，雖意識到與波斯貴族的合作是不可或缺的，但沒能在自己與他們之間構筑起穩定的統治體系。說到底，波斯貴族只不過是馬其頓統治者暫時的同盟。而對于波斯總督們而言，亞歷山大只是軍事的征服者，不可能成為自己效忠的國王。因此可以說，大清洗是亞歷山大自己種下的惡果。
公元前324年，波斯帝國的舊都蘇薩舉行了一場聲勢浩大的集體婚禮。亞歷山大自己迎娶了兩位阿契美尼德王朝的公主，并把波斯、米底顯貴們的千金嫁給了自己的八十名親信。除此之外，他還承認了約一萬名士兵與亞洲女性的婚姻，并賜給他們禮金。這場集體婚禮對帝國的統治體制有著怎樣的意義？亞歷山大自身的婚禮留待第八章分析，此處僅分析親信和士兵。
親信們的集體婚禮一直以來被解釋為民族融合政策的一環，這實際上是不得要領的。
第一，對于勝利者馬其頓人而言，被征服的原波斯帝國的女性是他們的戰利品，因此這場婚禮的性質相當于戰利品的分發。
第二，新人的組合都是男性為馬其頓人，女性為伊朗系人，而沒有相反的組合。如果打算從民族平等的角度實現兩個民族融合的話，理應有馬其頓女性與波斯男性的組合。所以不難看出，馬其頓貴族有通過迎娶身份高貴的伊朗系女性為妻從而成為東方新的統治集團的意圖，婚禮按波斯禮儀進行也暗示了這一點。
第三，據阿里安所述，事實上親信們自身未必喜歡這場婚禮。對新郎而言，這場婚禮只不過是晉升和前途所必需的交換條件罷了。實際上，亞歷山大也在通過這種方法來試探他們的忠誠度。
第四，這些新人大半最后以離婚收場。也許是因為親信們無法抹除對伊朗系女性的厭惡感和差別意識。但也有例外，比如說后來建立敘利亞王國塞琉古王朝的塞琉古，他與妻子阿帕瑪就共度了一生。另外，還有對波斯有深刻理解并成為波西斯總督的樸塞斯塔斯。關于他的婚姻狀況沒有詳細記載，但史料上記載他努力學習波斯語，穿波斯風格的衣服，深獲當地居民的信任。然而，他的這些行為卻招致了馬其頓同伴的不滿。他愿意去真心理解異文化，可謂是馬其頓人中的特例。
那么一般的士兵的情況又如何呢？亞歷山大要求上報與亞洲女性結婚的士兵名字，結果人數達到一萬人左右。這真的是民族融合政策嗎？答案是否定的。這些士兵在遠征到達各地后，與當地的女性建立了關系，而這些女性也跟隨士兵們來到蘇薩。亞歷山大只不過是承認他們成為正式的夫妻罷了。換句話說，只是追認士兵們娶了“當地妻”而已。由此來看，很難把這看成是亞歷山大有意圖的民族融合政策。對帝國而言，重要的是他們的孩子。關于這一點將在最后探討。
在亞歷山大統治的后期，軍隊的構成發生了很大的變化，馬其頓人的比重下降，東方出身的士兵比重大增，原因在于兵員的補充。在遠征期間，被征服地需要派軍駐扎，加之戰場上的死傷，前線的兵員勢必不斷減少。在遠征初期，每年本國會派遣增援部隊來彌補兵員不足，但是在公元前330年以后這種增援就中斷了。雖然希臘雇傭兵在此之后陸續到達，但他們不是被分配到各地駐扎，就是被編入行省總督的部隊，遠征軍的主力部隊漸漸陷入兵員不足的狀況。于是亞歷山大決定從當地招兵。
史料中能確認的最早的亞洲人部隊是公元前328年冬在索格底亞那的冬營地組建的由巴克特里亞人和索格底亞那人組成的騎兵部隊，這支部隊也參加了次年春進攻印度的作戰。在希達斯皮斯河畔與波羅斯王的戰斗中，阿拉考西亞人、帕洛帕米薩達人、巴克特里亞人，索格底亞那人、斯基泰人的騎兵部隊，以及斯基泰系達海人的騎馬弓兵部隊也來參戰。在開始沿印度河南下時，當地的印度士兵也加入其中。這樣，包括非戰斗成員在內，總人數達到了十二萬人。
公元前327年從巴克特里亞出發時，亞歷山大向東方的行省總督們下達了一項指令，命他們選拔年輕人進行軍事訓練，擔任訓練教官的是留在各城市的馬其頓老兵們。公元前324年，長達三年的馬其頓式軍事訓練結束，三萬名年輕步兵抵達蘇薩。他們身著馬其頓式服裝，裝備和訓練也是馬其頓式的。亞歷山大滿意地觀看了他們的閱兵儀式，稱他們為“后繼者”，這個稱呼也表明接替馬其頓步兵的就是這些東方的年輕人。當時馬其頓老兵已呈現出疲態，士氣也大不如前。亞歷山大經常通過展示對東方人的信賴，從而壓制馬其頓人的不滿。對亞歷山大來說，讓他們相互對抗、牽制是非常有利的。因此，他并沒有將二者混合，而是維持不同民族的軍隊。另一方面，因為大量東方人離開故鄉，也斷絕了他們叛亂的可能性。在某種意義上，這些東方人也是人質。次年，波西斯總督樸塞斯塔斯召集的兩萬波斯步兵也抵達巴比倫。大量新兵加入，也導致馬其頓步兵無論是數量上還是士氣上都被壓倒。
在蘇薩，亞歷山大重新整編了騎兵部隊。首先，從東方出身的騎兵及波斯人中選拔優秀者編入馬其頓騎兵部隊。其次，編成第五支騎兵部隊。當時馬其頓騎兵因兵員不足，只剩下四支部隊。最后，挑選出九名伊朗系貴族編入亞歷山大直屬的親衛騎兵隊中。這其中有五人是總督的兒子，一人是原阿契美尼德王室的親戚，還有一人是亞歷山大的妻子羅克珊娜的兄弟。他們被賜予馬其頓式長槍以取代原來的波斯式長槍。
軍隊的結構變化顯示了亞歷山大從馬其頓國王到亞洲之王的轉變。
成為亞洲之王的亞歷山大又是如何描繪他的帝國藍圖的？關于這一點，有以下幾個線索。
接任大清洗中被清除的波斯總督們的，全部都是馬其頓人，不過繼任者中大多數身份并不顯赫。亞歷山大之所以起用這些無名之輩，是為提高他們對自己的忠誠度，這也與波斯人總督中只有對亞歷山大忠誠的人才能繼續擔任官職的事實相印證。
說到忠誠，事實上，埃及總督克利歐米尼斯的例子具有啟發性。公元前324年，摯友赫菲斯提昂死后，亞歷山大曾寫信給克利歐米尼斯，命令他把赫菲斯提昂當英雄來供奉，為此需要在亞歷山大城建造一座規模空前的靈廟。盡管當時克利歐米尼斯因行為不端而遭到各種惡評，但亞歷山大在信中提出，只要克利歐米尼斯能順利完成他要求的英雄廟的建設，克利歐米尼斯過去及日后的過失可以一概不咎。由此可知，對亞歷山大而言，只要誓死效忠于他替他辦事，一切過錯皆可勾銷。
當一萬名馬其頓老兵從歐皮斯歸國時，亞歷山大曾承諾把他們與亞洲女性生的孩子培養成馬其頓式的士兵。如果這個承諾成為現實，這些孩子將成長為在歐洲無根、在亞洲也無特定故鄉的士兵。因此一般認為，亞歷山大是想把他們培養成只效忠于自己、聽令于自己的精英部隊。
“忠誠”是理解亞歷山大的關鍵詞。亞歷山大在最高點上治理天下，那些只效忠于他的馬其頓人和波斯人作為統治民族，擔負起帝國統治的重任。維系新統治制度的紐帶是對亞歷山大的忠誠而非民族身份，僅靠這一紐帶能支撐一個空前龐大的帝國？在某種意義上，將這個帝國稱為亞歷山大一個人的帝國更為確切。
