從醫學史來看，是先有藥學（《神農本草經》），而后才有中醫臨床理論（《黃帝內經》），因為神農氏屬“三皇”，黃帝屬“五帝”，兩者活動年代相差至少以百年計。若論成書年代，《神農本草經》多認為是在秦漢或戰國，《黃帝內經》在西漢，前者似乎也早于后者。從《神農本草經》到明代的《本草綱目》，是中藥學發展的兩個里程碑，學了《本草綱目》，就基本可以不學《神農本草經》，可見《本草綱目》看作是《神農本草經》的2.0版。《內經》、《傷寒》和《溫病學說》算是中醫理論發展的三個里程碑，但《傷寒》和《溫病學說》只能說是對《內經》的補充，取代不了《內經》。
從上可以看出，中藥學和中醫臨床理論兩者雖有一定關聯，但都是獨立形成發展的。現代醫學里的藥學和臨床理論也基本如此，但互動性強于中醫藥學。
中醫與中藥是中醫學的兩個方面，中醫中藥雖然共同存在于一個大學術體系之中，但兩者并不是密不可分的。西醫舶來之前，兩者也是息息相關的。可如今在現代醫學的沖擊下，中醫中藥兩者勞燕分飛的趨勢已初見端倪，這并非危言聳聽或空穴來風。因為日本、韓國、甚至香港的中藥事業做得風生水起，遠非國內中藥行業可比，為什么會是這樣呢？因為在國內中醫與中藥是捆綁在一起的，說句難聽的話，中藥是被中醫給綁了。
中草藥是一種客觀存在，它們是中華民族的先祖通過與疾病作斗爭的實踐，從千千萬萬的植物、動物和礦物中篩選出來的，流傳至今的神農嘗百草的典故正是這個過程的最好詮釋。
正因為中草藥及其理論是先于中醫臨床理論存在和發展的客觀存在，所以中草藥學可以作為一個單獨的學科體系，可以為不懂或不需要中醫臨床理論的世界其他國家或民族所接受。世界上還沒有哪個國家或民族的先祖對植物、動物和礦物藥有像《本草綱目》這樣如此深廣的認識，《本草綱目》的廣泛傳譯說明了中藥可以獨立地走出國門，而不必與中醫臨床理論同行。
中草藥是中華民族的寶貴財富，也是全人類的共同財富，中醫可以從中醫理論的角度考究中藥，現代醫學也可以用現代科技方法來研究中草藥。因此，中草藥可以堂而皇之地走出國門，青蒿素只是率先走出的一個。
青蒿素提取者屠呦呦獲得諾貝爾獎也給我們一些啟示，經現代科技手段提取的青蒿素肯定比煎藥煎出來的藥湯效果要好。中藥里這類有待人們發現、提純的好藥肯定還有很多，說中藥是座偉大的寶庫怎么都不為過。
來源于中藥的青蒿素在人類抗惡性瘧的斗爭中，走出了國門，而且走到了世界的前沿。如果現在就有人認為這是中醫藥的勝利，是中醫藥科學的最好證明，這起碼有兩點值得商榷：第一、青蒿素只是來源于中藥中的一種，青蒿素的成功只是中藥現代化的一個成功開始，中藥以全面、全新的現代化的態勢走出國門還尚需時日。其二、即使中藥都是金子，也并不能說明中醫理論（除外藥學理論）也是金子。
中醫藥現代化應該是從中藥現代化開始。因為我們對中醫臨床理論的現代化都沒有形成一個共識（如中醫臨床理論需不需要現代化，或怎樣進行現代化等），這個困擾中醫人士百年之久的問題的解決不是一朝一夕的事，因此我們不必把寶貴的時間耗在無謂的等待上，完全可以借鑒青蒿素的成功使中藥現代化先行一步。
其實中藥現代化是一個長期過程，不可能一下子全面展開，所以還是應該兩條腿走路。
一種方式是中藥以經典形式與中醫共生，另一種并存的方式是中藥以現代化形式與現代醫學互動發展。現在不少廠家都在用現代指紋圖譜技術來開發中藥，個人認為：此法研究單方中藥價值更大一些，對于大多數組方來說，應該探索更科學更綜合的方法。
北京同仁堂的中藥制劑之所以馳名中外、經久不衰，是因為它有一整套從產地采制、嚴格初加工、嚴格儲存和精細炮制的程序。所以中藥現代化的第一步應該是規范化標準化，我們國家已初步建立了一些中藥材質量的國家標準，但還不夠，因為一些中藥材的有效成分到現在都不是很清楚，僅憑經驗或外觀來判斷質量的做法未免有些粗糙。其次是要嚴格地執行國家標準。在梅雨季節，不時可以看見中藥店或醫院藥房把受潮的中藥搬出來曬太陽，這樣的藥材藥效還剩多少？我們甚至還可以看到霉變的藥材也在曬太陽，這些中藥不僅沒療效，還對人體有害，有人監管這些嗎？
產地是影響中藥質量的重要因素。一般在中藥教材中，都有這樣的記述：某某藥材以某某地方產的為最好。說白一點，由于某地的土壤氣候的特殊性（若是人工種植，當地人的種植習慣可能也有一定影響），某種藥材的有效成分要高于其它產地。反過來說，要保證某種中藥材的功效，必須要在適合這種藥材生長的地方種植，此外還要按照一定的科學程序來種植才行。
好藥材必須要有好的初加工（藥材的收獲、采集、粗制、晾曬等），初加工的提前或推后，藥材的質量都可能起變化，初加工的環境不良、用具不潔除影響藥材的品質外，還可能增加藥材的灰分。初加工后的藥材還需要有好的儲存手段，否則潮熱、蟲害、霉變等都會影響藥材的品質。
總之，在中藥現代化還沒有全面開始之前，要對傳統中藥的生產、管理進行嚴格規范，也就是說，一定要保證傳統中藥的質量。對有質量保證的傳統中藥進行現代化研究才能保證科研結果的準確性和可靠性，才會起到事半功倍的效果。否則，事情就會事倍功半，甚至半途而廢或前功盡棄。
