2000年前后，中國高校掀起一股合并熱，有2/3以上的高校都經歷了拆分與合并，學校規模得到迅速擴張、弱勢科目得到補充，在國際國內排名極大提高，實現了沖刺985、211等國家計劃的目的。
全國39所985高校，至少有25所以上都是合并而成，合并最多的西北農林科技大學（共合并7所高校或院所）。由此也產生了一批“巨無霸”高校航母，如吉林大學、山東大學、華中科技大學、浙江大學、中南大學、武漢大學、四川大學等，在校本科生都超過5萬人。
由兩所大學兼并的985高校共6所
1.復旦大學＝復旦大學＋上海醫科大學
2.北京大學＝北京大學＋北京醫科大學
3.中國科學技術大學＝中國科學技術大學＋合肥經濟技術學院
4.東北大學＝東北大學＋沈陽黃金學院
5.中山大學＝中山大學＋中山醫科大學
6.中國農業大學=北京農業大學+北京農業工程大學
三所大學兼并的985高校共7所
1.南開大學＝南開大學＋天津對外貿易學院＋中國旅游辦理干部學院。強弱聯合，其中經濟學的實力主要還是來自南開，第四輪學科評估一個A+都沒有，應該是沒有達到預期。
2.山東大學＝山東大學＋山東醫科大學＋山東工業大學。強中聯合。但山東大學合并山東工業大學至今仍存在爭議。原因是山東工業大學本來就是一所211高校，如果沒有被合并的話，山東應當會有2所985，2所211。結果作為985的山東大學合并了其中的一所211，山東大學的排名并沒有大的提升，后來也沒有得到質的發展，但山東省卻少了一所211高校，讓不少人扼腕。
3.重慶大學＝重慶大學＋重慶建筑大學＋重慶建筑高等專科學校
4.四川大學＝四川大學＋華西醫科大學＋成都科技大學。
5.西安交通大學＝西安交通大學＋陜西財經學院＋西安醫科大學
6.湖南大學＝湖南大學＋湖南財經學院＋湖南省計算機高等專科學校
7.蘭州大學=甘肅省草原生態研究所+蘭州醫學院
四所大學兼并的985高校共7所
1.浙江大學＝浙江大學＋浙江農業大學＋浙江醫科大學＋杭州大學。強強聯合，老浙大是傳統的工科大學，杭大是文理綜合大學，1個985+3個211，典型的1+1>2，實力強勁。
2.上海交通大學＝上海交通大學＋上海第二醫科大學＋上海農學院＋中歐商學院（劃歸辦理）
3.東南大學＝東南大學＋南京鐵道醫學院＋南京交通高等專科學校＋南京地質學校（劃歸辦理）
4.華中科技大學＝華中理工大學＋武漢城市建設學院＋同濟醫科大學＋科技部干部管理學院
5.武漢大學＝武漢大學＋湖北醫科大學＋武漢測繪科技學院＋武漢水利電力學院
6.中南大學＝中南工業大學＋湖南醫科大學＋長沙鐵道學院＋長沙工業高等專科學校
7.清華大學＝清華大學＋中央工藝美術學院＋中國人民銀行研究生院（劃歸辦理）+北京協和醫學院（中國協和醫科大學）
五所以上大學兼并的985高校有4所
1.同濟大學＝同濟大學＋上海鐵道大學＋上海城建學院＋上海建材學院＋上海航空工業學校（劃歸辦理）
2.華東師范大學＝華東師范大學＋上海幼兒師范高等專科學校＋上海教育學院＋上海第二教育學院＋上海市南林師范學校（劃歸辦理）
3.吉林大學＝吉林大學＋白求恩醫科大學＋長春科技大學（東北地質學院）＋吉林工業大學＋長春郵電學院＋解放軍軍需大學。強中弱聯合。吉大的強勢學科還是集中在老吉大身上，被合并高校的優勢學科發展也并不如意。一些學科基本屬于原地踏步，甚至還有倒退，總體來說吉大合并不成功。但也成為了巨無霸高校，所以人們都說“長春在吉林大學中”。
4.西北農林科技大學=西北農業大學+西北林學院+中國科學院水利部水土保持研究所+水利部西北水利科學研究所+陜西省農業科學院+陜西省林業科學院+陜西省中國科學院西北植物研究所
12所未合并過的985
除了上面通過兼并的高校之外，還有12所高校是在2000年兼并潮中未進行兼并的，他們分別是中國人民大學、中央民族大學、北京理工大學、北京航空航天大學、北京師范大學、南京大學、天津大學、大連理工大學、西北工業大學、華南理工大學、中國海洋大學和廈門大學，這些高校在其他高校紛紛合并報團的情況下，憑一已之力發展，實力也是十分強悍的強。
合并最成功的高校
1.浙江大學
算是985高校中最為成功的一所。浙大四校合并前，只有老浙大有全國前十的實力，但在合并后學科更完整，實力更雄厚。經過幾年的發展，從論文學術成果科研經費等硬性指標來看穩居國內綜合排名第3名，在華東五校中是學科設置最全的。合并后的浙大的各學科基本沒有短板，更重要的是中國高校合并浪潮始于1998年的浙大四校合并，浙大算是第一個吃螃蟹的，對中國高校發展有重要里程碑的意義。在各大高校排行榜上，浙江大學基本能穩居前五位。當然，合并之后，浙江只有浙大一所985高校、雙一流建設高校。在一定程度上，可能對浙江省的教育整體有影響，在一定程度上影響了浙江整體985、211高校的錄取率。
2.華中科技大學
主體是華中理工大學，合并前只能居四大工學院二三名。2000年大學合并的時候，本來湖北省的意圖是讓同濟醫科大學和武漢大學合并的，同濟醫科大學提出了極為苛刻的條件：1、合并后的新大學必須改名；2、同濟必須保持人事、管理、財務獨立；3、必須保留同濟醫學院的品牌。當時的武漢大學面對如此苛刻的條件，自然沒有答應。然而華中理工大學一口氣全答應了同濟醫科大學的條件，如是便出現了“華中科技大學”。在合并以后在地理位置不占優的條件下發展勢頭早已蓋過曾經的四大工學院之首東南大學，而且不再甘心作所謂的千年老二，如今的華中科技也具備了向同城的武大叫板的實力。
3.武漢大學
主體是武漢大學，在合并的浪潮中痛失合并同濟醫學院的機會以后，合并掉了湖北醫科大學，雖然湖北醫科大也很強，但和同濟醫科大比差距太大。還好，武大合并其它兩個學校都在各自的行業里處于領頭羊的地位，尤其是武漢水利電力大學，實力強勁，當時是中國水利電力行業專業最齊全、規模最大、綜合實力最強的大學。合并后的武大也在各大排行榜穩居前十，要不是武大并入這三校，現在只能剩下一大堆冷門專業，不知道拿什么和同城的華科抗衡。
4.中南大學
主體中南工業大學，合并前也就是普通的一個重點大學，在全國大學排名中也就是六十名左右，在先后合并掉了有著南湘雅北協和的湖南醫科大學（湘雅醫學院）和長沙鐵道學院后實力爆棚，綜合實力在全國高校中二十多名，而且專業也不再是冷門的冶金方面的專業。
5.中山大學
主體是中山大學，由孫中山先生創立于1924年，初名國立廣東大學，后為紀念孫中山先生，學校于1926年定名為 “國立中山大學”。今日的中山大學，由1952年院系調整后分設的中山大學和中山醫科大學于2001年10月合并而成，中大和中山醫院合并可謂強強聯合，中大在合并后中大在大學排名也上升很快，同時也確立了廣東霸主的地位。
6.哈爾濱工業大學
主體是哈爾濱工業大學，合并前，工科大類中土建一直不怎么強，其工科實力最多也就和西交打平手。而哈爾濱建筑大學也和哈工大是同源同宗，前身是哈爾濱工業大學土木建筑系，始建于1920年。基于其雄厚的師資力量和設備基礎，1959年，獨立建校，擴建成為哈爾濱建筑工程學院。1960年6月與同濟大學、沈陽建筑材料工業學院、武漢城市建設學院一起被列為中華人民共和國建筑工程部重點高校。1994年，經原國家教委批準，更名為哈爾濱建筑大學，是我國著名的建筑老八校之一。在2000年，哈爾濱建筑大學與哈爾濱工業大學合并后哈工大工科的規模超過清華浙大的規模，穩居第一，也是唯一工科能和華東五校中的浙大和上交叫板的學校。
7.西安交通大學
主體是西安交通大學，繼承了老交通大學大多數的衣缽。但地處西安，發展受限，在高校合并的浪潮中，南京大學由于沒有吞掉任何醫科學校，現在發展受限很嚴重，西交吞掉的西安醫科大看似雞肋，其實有重要的意義。而吞掉的另一所高校，陜西財經學院是中國人民銀行總行直屬的以金融類專業為主體、其它財經類專業協調發展的多學科、多層次的綜合性高等財經院校。學院前身---西北大學經濟系是原國立北平大學法商學院，創建于1929年。1960年，以西北大學經濟系為基礎組建陜西財貿學院，1963年更名為西北財經學院，1978年定名為陜西財經學院。吞掉以后，西安交通大學經濟與金融學院綜合實力在歷年經濟類專業排名中穩居全國第九、第十的位置，并擁有西北地區唯一的應用經濟學博士后流動站。綜合實力西北地區排名第一。也使得自己不至于掉隊太多。
8.復旦大學
主體是復旦大學，本身北大北醫合并不到一個月，復旦和上醫也合并了，本身也是強強聯合，完全可以算的上最成功的合并之一，但兩校的磨合卻很一般，復旦大學有著輝煌的歷史和強勁的實力無須贅述，看看上海醫科大的歷史，上海醫科大學，創建于1927年，是中國創辦的第一所國立大學醫學院，顏福慶出任首任院長。1932年，獨立為國立上海醫學院，為當時中國唯一的國立醫學院。1939年，因抗戰爆發內遷至云南昆明。1940年，輾轉遷至四川重慶。1946年，抗戰勝利，遷回上海。1952年，更名為“上海第一醫學院”。1959年，被定為全國16所重點高等學府之一。1985年，更名為“上海醫科大學”歷史和實力同樣輝煌，于是兩校在合并后關于校名有著很大的爭執，最后以上海醫科大爭到“復旦大學上海醫學院”這塊牌子而告終。
9.重慶大學
主體是重慶大學，合并前實力一般，屬于普通的全國重點大學，以至于在要合并西南政法時西南政法發動了轟轟烈烈的護校運動。因為高校合并要么強強聯合，要么以強吃弱，但從沒發生過以弱吃強的事情，以至于在得知西政要并入重大后西政全校師生罷課游行，史稱“二次護校運動”。部分激動的同學甚至喊出了“寧做西政鬼，不當重大人”。事件驚動中央，司法部、公安部、教育部三部大員到校“鎮壓”，最終取消合并，但作為對教育部的補償，原直屬司法部的西政轉由教育部管理，并最終被下放重慶市。西政從此成了地方性院校，一直到今天。而重大后來合并了建筑老八校之一的重建和重慶高等專科學校之后工科實力增長很快，也彌補了自己工科一大類的短板。
10.湖南大學
主體是湖南大學，在高校的合并浪潮中湖南大學也急需合并學校來補充自己的實力，最開始想要合并的學校是湘雅醫學院，但校長要求合并后平級，但湖大校長等人不干，最后將湘雅拱手讓人。后來合并了湖南財經學院，湖南財經學院是隸屬中國人民銀行的中央部屬高校。始建于1958年，是新中國最早建立的一批高等財經院校之一，被譽為“財經金融黃埔。湖大在合并前也就和肥工差不多一個水平，在合并后形成理科基礎堅實、工科實力雄厚、人文學科獨具濃厚文化背景、經濟管理學科富有特色的綜合性全國重點大學，實力也有很大的提升。
