袁應泰兵敗自焚后，朝中閣臣劉一燝高呼：“使廷弼在遼，當不至此。”朱由校深以為然，下詔重新啟用熊廷弼經略遼東，再賜尚方寶劍，副總兵以下可先斬后奏。
熊廷弼離京赴任之日，天啟帝朱由校于城外設宴送行，京中所有要員奉命陪宴，又賜一品官服，極盡寵信之能事。可見明廷在熊廷弼身上寄予了厚望。
熊廷弼復職之后，經過一番調查，掌握了一系列關于后金軍缺少水師、后方不穩、兵力不足、不善于攻堅戰的情況，于天啟元年（1624年）6月有針對性地向朝廷提出建議：
八月，他又再次建言，進一步提出具體方案。
朱由校大喜，當下應允，同時命王化貞為廣寧巡撫，輔佐熊廷弼。
明朝這邊在戰敗后重啟舊將，再造新的防御體系，意圖東山再起；努爾哈赤的后金政權自然也不會閑著，自遷都遼陽之后，便開始了下一步的作戰準備。
由于遼陽是明、朝鮮和蒙古的接壤之地，所以遷都遼陽后，為孤立明朝，努爾哈赤對朝鮮和蒙占采取了恩威并用的策略。
天命六年（1621年）三月，剛一攻下遼陽，努爾哈赤就致書朝鮮國王；“滿洲國汗致書于朝鮮國王……”。
朱由校
這一時期，努爾哈赤在與蒙古和朝鮮任往來過程中雖然沒有形成反明的統一戰線，但至少是達到了使朝鮮和蒙古不與之為敵的目的，努爾哈赤便可以用主要精力來對付明朝了。
外患的解決并不能保證國家政權的穩定，要想從根本上統治好一個國家，內政問題尤為主要。其中，法律就是一個關鍵點。
天命六年四月，努爾哈赤借鑒明朝的律法規定，下詔將明朝所制定施行的《大明律》刪減簡化，用以約束后金。此舉不僅對遼沈地區漢、滿族人民的統治有利，對后金社會在某種程度上的進步也起到了促進作用。與此同時，努爾哈赤還效仿明朝辦起了官學，希望以此提高女真人的文化素質，這對滿族社會的發展來說，明顯有深刻的意義。
同年七月，努爾哈赤又開始了計丁授田的改革措施。“計丁授田”是努爾哈赤以明朝的遼東軍屯制度為基礎，再與后金自有的牛錄屯田相結合而制定的。該措施把海州、遼陽一帶總共三十萬日（一日合五畝）的土地分配給女真和漢族人耕種。每個男性給六日田，并規定，其中的五日用來種糧，剩下的那一日用來種棉花，很明顯就是在準備戰略物資。納賦的方法是毎三個人耕官田一日，以所收獲的農作物充當稅收；每二十個人中抽取一人當兵，再抽取一人服役。從土地所有制、生產關系和分配形式來看，“計丁授田”已經出現封建經濟體系的某些特征，這也意味著后金政權原有的奴隸制開始轉變為封建制度。
向封建制度的轉型改變不了一個很重要的問題，那就是在遼東地區女真人和漢族人之間的矛盾。遷都之后，女真族與漢族人之間的矛盾更加尖銳，漢族人民的反抗斗爭也變得更加激烈起來。這個問題不解決，對于后金政權來說是個巨大的隱患。因此，努爾哈赤剛剛遷都遼陽，便采取了就對漢族人以安撫為主、鎮壓為輔的策略。僅在一年之中，有史可查的重大安撫措施多達8項。這些政策對鞏固后金政權、籠絡漢族官民、瓦解明朝在遼東地區的統治有著重大意義。
八月，努爾哈赤從軍事角度考慮，決定在遼陽城太子河邊修筑一座遼陽新城。他認為，遼陽舊城經過戰火已經頹廢不堪，并且列強環側左右，勢必要重兵把守。如此一來，大后方的安全就無法保證。如果建一個稍小一些、堅清壁野的新城，可以集中兵力把守，無須再擔憂后方的安全。沒有了后顧之憂，使可以放心大膽地對明朝動兵。
天啟五年（1625年）八月二十五日五更，熊廷弼高昂著頭跪在京師西市的刑場上，胸前掛著一個執袋。刑部主事、監斬官張時雍問其袋中所裝何物，熊目：“《辨冤疏》也。”張日：“君未讀《李斯傳》乎？囚安得上書？”熊曰：“未讀《李斯傳》耳。此趙高語也。”張時雍無言以對，下令行刑。一代名將熊廷弼冤死法場。
熊廷弼圖片
那么，熊廷弼為什么沒有戰死沙場，而是死在了明朝廷的法場？究其原因，還是遼東地區又出現了問題。
努爾哈赤攻取沈陽、遼陽之后，下一個目標便是廣寧。
如果說遼陽是遼東的政治、經濟、文化、商業中心，那么遼東的軍事中心則在廣寧。遼東總兵府便設在這里，而遼陽僅僅是副總兵府。因此，廣寧是明朝在東北地區最高的軍事機關駐地，是控制蒙古弾壓女真的軍事重鎮。沈遼喪失之后，明朝僅有剩此地可以用來與后金相抗。可以說，如果明朝失去了廣寧，那么就等于徹底失去了在遼東、遼西地區的控制權。
明代遼西重鎮廣寧
更為不利的是，雖然頗有外交能力的王化貞替明朝暫時緩解了來自蒙古方面的壓力，但廣寧一旦失守，那蒙古方面將有很大的可能會與后金政權完全聯合起來，要知道，當時的喀爾喀部已經表現出了與努爾哈赤結盟的意思。這對明朝來說是個極為不利的消息。因此，無論是對明朝來說，還是對后金而言，廣寧都是一個極為重要的陣地。
當時駐守廣寧的遼東經略熊廷弼和遼東巡撫王化貞之間卻毫尢默契可言。王化貞的目標是攻，聲稱要“一舉蕩平遼東”。他上任巡撫之后不久，便派干將毛文龍率200人走海路到達鎮江（今遼寧丹東）沿海島嶼，開辟敵后戰場。
毛文龍
明朝時期的鎮江，是中朝邊境、鴨綠江邊一個舉足輕重的軍事要塞，是與朝鮮取得直接聯系的一個要沖之地。可以說，誰占據了這塊土地，誰就能得到來白朝鮮半島上的承認，并取得其支援。天啟元年七月二十五日，毛文龍通過偵查得知，此時屬于后金政權的鎮江城兵力空虛，幾乎是一座不設防的要塞，便與生員王一寧計劃突襲。
毛文龍事先收買了后金駐扎鎮江的中軍陳良策，讓他當作明軍的內應，自己則親自率領220余人夜襲鎮江城。此役，鎮江游擊佟養真及其子佟松年等60多人束手就擒，鎮江城再屬明廷。一時之間，全遼震動，鎮江城周邊的寬甸、湯站、險山等城堡守軍相繼向毛文龍投降。
此役在史學界被稱為鎮江大捷。鎮江的收復對一直堅持抵抗后金的遼東漢民是個巨大的鼓舞。隨之響應的還有湯站（今鳳城縣南30公里湯山公社所在地的湯山城子）、險山（今遼寧省丹東市鳳城縣東南大堡公社上城子大隊所在地）、寬甸（今遼寧省寬甸縣）等地，一時之間，反抗后金政權的星星之火燃遍了遼南各地。
鎮江的大捷，讓王化貞志得意滿，他以為在自己出兵遼東之時，便可與遼東后方的毛文龍前后夾擊，打后金一個措手不及。為了確保對后金作戰的勝利，他又計劃秘密策反已經降了努爾哈赤的李永芳，希望以里應外合之勢讓后金防不勝防。再加上經過王化貞的一番努力，察哈爾蒙古等部答應出兵40萬以協助明軍的軍事行動，更算是錦上添花。
可以說，王化貞的這番部署是周密而詳細的，所以他也就信心百倍地上書朝廷。然而長時間與后金打交道的熊廷弼卻深知努爾哈赤的厲害，依然堅持“三方建置”的既定方針，以積極防御為主，調動各方大軍，對后金政權實行三面合圍，繼而攻之，必會大獲全勝，一旦 此措施得以施行，那么努爾哈赤肯定不敢對廣寧動兵，否則的話他將受來自海上的威脅。
然而朝廷卻沒有采納熊廷弼的建議。首先，王化貞為朝廷畫的這張大餅看起來是那么的可口，而熊廷弼的計劃卻無疑是慢工出細活，時間成本上讓收復失地心切的朝廷難以接受，更不用說已經處于崩潰邊緣的經濟成本了。其次，王化貞原是東林黨人，善于結交政要，在朝中人緣頗好，現在又在極力巴結魏忠賢，有投靠閹黨的傾向。而天啟初年，正是這兩個派別在左右政局。熊廷弼則是楚黨之人，在天啟初年早已沒有多少政治地位可言，再加上此人生性暴躁，即使經歷過一次罷官風波，也沒改掉秉性，與朝中官員勢如水火，也就沒有夠硬的后臺做朝內支撐，自然無法讓自己的策略付諸實踐。
王化貞的“急”和熊廷弼的“穩”形成了尖銳的矛盾。將帥不合歷來是兵家之大忌，而這一點，也正被休養生息十個月之久的努爾哈赤敏銳地覺察到了。
大命七年（1622年）正月十八，正是北國千里冰封的時候。努爾哈赤利用遼河水結冰、人馬易渡的時機，率八九萬大軍向廣寧發起了進攻。
此時王化貞的“周密”部署完全破滅，后金后方的鎮江已經得而復失，毛文龍逃往朝鮮，腹背夾攻的可能性化為烏有。察哈爾部答應的40萬大軍僅僅來了一萬，以多壓少的希望破滅。對李永芳的策反不僅沒有成功，反而讓自己的愛將、抵擋后金鐵騎的先鋒孫得功被李永芳策反，里應外合的愿望沒有實現，自已卻被從內部突破了。
如此一來，明軍慘敗，王化貞棄城而逃，與聞訊自山海關率兵趕來的熊廷弼在大凌河（今遼寧錦縣）相遇。王化貞放聲大哭，而熊廷弼卻挖苦道：“六萬眾，一舉蕩平竟何如？”王化貞無言以對。
見到大勢已去，熊廷弼也無起死回生之能，只得掩護自廣寧逃出來的軍民退回山海關。
王化貞棄廣寧而逃，被策反的孫得功占據廣寧城，出城三里跪迎努爾哈赤。一時之間，努爾哈赤還以為明軍有詐，因為廣寧城到手的太容易了！
努爾哈赤將遼陽城的大福晉阿巴亥、眾妃子以及眾貝勒的福晉們等一干家眷接到廣寧，統兵大臣等出城叩見。紅氈路鋪到了衙門之外。這時，“大福晉率眾福晉叩見汗，曰：“汗蒙天眷，乃得廣寧城。'眾貝勒之妻在殿外三叩首而退。嗣后，以迎福晉之禮設大筵宴之。”（清．鄂爾泰．《清太祖武皇帝實錄》）攻克廣寧的歡慶氣氛因這些女人的到來而達到了高潮。
緊接著，后金軍又連取被明軍所棄的義州（今遼寧義縣）等40多座城堡。
由于廣寧戰敗，王化貞被論罪入獄，熊廷弼被革職還鄉。然而熊廷弼認為自己在廣寧之敗中并不存在過錯，故意上書請罪，希望以此來讓小皇帝重新任用自己，并采納自己所提出的攻取遼東之建議。但他沒想到的是，這正給了一向與熊廷弼不合的閹黨以口實。他們以熊廷弼援救來遲為由，并羅織罪名，將熊廷弼與王化貞同罪下獄。
魏忠賢
在魏忠賢的指示下，御史梁夢環彈劾熊廷弼貪污餉銀17萬，御史劉徽則稱說熊廷弼家資百萬。但直到抄家之后才發現，熊家的全部家底也不足 17 萬。無奈之下，抄查者連熊廷弼的姻親家一并抄了，但也沒能湊齊百萬之數。最后，“江夏知縣王爾玉責廷弼子貂裘珍玩，不獲，將撻之。其長子兆珪自殺，兆珪母稱冤。爾玉去其兩婢衣，撻之四十。遠近莫不嗟憤”。熊廷弼最終在王化貞之前被處死。崇禎二年(1629 年)，崇禎帝朱由檢為其沉冤昭雪。
廣寧之戰，讓努爾哈赤盡得遼西之地，熊廷弼冤死，又讓努爾哈赤去除了心腹之患。后金政權的兵鋒直指大明王朝的最后一處屏障--山海關，但此時的努爾哈赤卻停住了前進的腳步。
