第一章第二節：揭示萬物遵循的最普遍規則
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科學之所以能夠稱之為科學，就是因為我們生活于其中的宇宙是一個井然有序的宇宙。不管我們把目光投向何方，從遙遠遼闊的星系，到原子的極幽深處，我們都能看到規律性以及精妙的組織。我們所看到的物質和能量的分布并不是混亂無序的，相反，它們是按照從簡單到復雜的有序的結構安排的，從原子和分子，到晶體、生物，到行星系、星團等等，莫不是井井有條，按部就班。而且物質系統的行為也不是偶然的，隨機的，而是有章法、成系統的。科學家們進行研究的唯一目的就是要揭示支配這些自然秩序的規則，用來指導人類的生存。
自然界看起來是極為復雜的，但科學的發展卻不斷證明它是簡單的，這不僅體現在所有物質都終都可以統一為同一種東西——能量，而且系統科學的發展也不斷證明了所有物質系統之間的相似性，這一切都在證明古人由來以久的一種思想，那就是萬物不僅由同一種物質組成，也由同一個原理支配，這個原理就是物質系統產生、發展、壯大、衰退、滅亡的規律性。
西方科學誕生的主要標志：是建立了一套有別于古代和中世紀的關于“實體”的自然觀和方法論。這套自然觀和方法論在飛速增長的自然知識領域和社會生產領域發揮著極大的作用。它們就是笛卡兒——牛頓機械自然觀和實驗——數學方法論。近代的自然科學家和哲學家共同鑄造了這個傳統。概括起來，這個傳統主要分為以下四個方面：第一，主客體分離，即人與自然的分離；第二，自然界的數學設計；第三，物理世界的還原論說明；第四，自然界與機器類比。從此，科學沿著兩種傳統發展：一種傳統是通常所說的“經典科學”，包括天文學、力學、數學和光學。它們在方法論上以數學和理論為基礎，規范而嚴謹。另一種是培根式的“經驗科學”，依靠儀器，注重定性和定量分析，在方法論上更看重實驗。這兩種傳統既平行又交織，共同促進了科學技術向前發展。而無論是依靠理性思維的“經典科學”，還是依靠儀器，注重定性和定量分析的“經驗科學”，都有一個理論預設：世界的本質是簡單的，它是由剛性不變的“實體”構成，外部世界的復雜性是由種種簡單性“實體”聚合而成，并在“實體”層面得到還原論的清楚解釋和充足說明。科學的任務就是探明宇宙的最終“實體”，而科學中的所有學科最終都可以統一到“實體”上來。
自然界的物質是統一的，這不僅是哲學思辨的結果，而且是科學不斷證明的結果，但哲學與科學對物質統一性的理解是大相徑庭的。在哲學上，這種統一體現自然界的一切都是由同一種物質的運動形成的，這不僅包括科學上研究的實體，而且還包括看起來空無一物的空間，不同的只是實體是統一物質有組織的結果，而空間則是統一物質無組織的狀態，兩者之間不斷發生著物質交換和能量交換。科學上雖然也堅持物質的統一性，但這種統一僅僅是一種泛統一，即可觀察的實體是由少數幾種死寂不變的基本粒子組成的，而空間則是空無一物的，它與實體沒有任何關系。在這樣的假設下，科學家們不斷地精密他們的觀測儀器，以求挖掘出自然最基本的顆粒，進而總結出決定萬物的規則。可結果呢？在生物學上，科學家們沿著細胞、基因、生物大分子、原子的道路追尋下來，發現了科學上最大的難題，那就是“死的原子是什么時候突變成活的生物”。在物理學上，科學家們先是精確地總結出了各種原子的存在，之后又發現了電子、粒子，現在又在猜測更小的夸克，真的存在少數幾個死寂不變的基本粒子嗎？我想每一個物理學家都在深深地懷疑。
回顧人類的科學史，科學一直是沿著兩條不同的道路前進的。在古代，人們對自然的觀察僅僅憑肉眼，但就是在這樣的條件下，科學家們思辨出了生命的本質。“氣一元論”和“陰陽學說”是中國科學的脊梁，它告訴人們的是，宇宙空間充滿著統一的物質，這些物質并不是靜止不動的，而是在緊張地相互壓迫中存在的，反抗周圍物質的壓迫是一切存在物的本性，也就是說，只要是物質性的存在，它一定是在被壓迫中存在，緊張、反抗，擴大自己的勢力范圍是一切存在物的本性。也正是這種本性的存在，使局部物質在反抗周圍物質的壓迫中組織起來，成為一個個可觀察的實體。統一的物質有兩種存在形式，一種是無序狀態（氣之陽），一種是有序狀態（氣之陰），兩種形式是在不斷地相互轉化中存在的，有序（陰）和無序（陽）的轉化規律就是世界最普遍的規律，從無序（陽）到有序（陰）是物質系統的產生，從有序（陰）到無序（陽）是物質系統的滅亡，陰陽學說所揭示的就是物質系統產生、發展、壯大、衰退、滅亡的規律性。
不少人可能會問，這個規律到底是什么呢？其實“陰陽學說”解釋得非常清楚，陰就是具體的每一個相對穩定的事物，而陽則是它所依賴生存的大環境。然而，陰的力量是無法與陽的力量對抗的，要想保持自身的秩序，陰就必然在陰陽的對立中不斷地尋求與陽在變化上的統一。不少人習慣于把陰陽平等化，其實，陽主陰從才是“陰陽學說”的本質，用現代科學的話來說就是“整體決定局部”，忽視了這一點，就無法認識真正的中國科學的本質。
顯然，中國科學的生命觀有廣義和狹義之分，廣義的生命就是指物質反抗的本性，萬物都是這種生命之流的一種匯聚；狹義的生命觀則是指物質系統，統一的物質組織起來它就有了生命，有組織的物質離散開來，它就走向了死亡。所謂的自然規律根本不是什么可觀察的東西，而是一個無形無象、無所不在的原理，認識它的方法只有一個，那就是哲學的思辨，因為人存在與發展的原理就是萬物存在與發展的原理，認識了自己，也就認識了自然。
西方科學所有的成就幾乎都是建立在精密儀器的觀察之上，它使人類站在科學的堅實土地上認識了天之博大，地之渺小，人之神奇；也正是他們為工業革命、農業革命、科技革命、信息革命，為連續的文明浪潮創造了“第一推動力”。然而，雖然我們的視野在廣度上達到了二百億光年之遙，但宇宙發展的規律仍然茫然無解，在深度上可以窺見基本粒子的精細結構，但生命的本質仍然游離在科學之外。
科學之所以出現這種情況，與科學家們對哲學的拋棄是密切相關的。自從原子實體被發現，“原子說”就被科學家們當成了真理，觀察不到就不存在被當成了認識一切的方法論。這樣一來，科學就整體忽視了隱藏在自然背后的連續物質，忽視了它們與實體之間的普遍聯系，使自然秩序至今仍然得不到任何科學的理解。
幸而，東西方文化的交流使科學與哲學重新聯起手來，哲學的思辨使我們認識到了統一的物質本身是不可觀察的，因為精密儀器本身就是由這種統一物質組成的，它只能觀察到統一物質的有組織形式。如果我們迷信這些精密儀器，就會使真正決定一切的自然力量被忽視，造成科學發展上的畸形。認識到了自然徹底的統一性，那么科學與哲學就統一了認識，萬物不僅由同一種物質組成，也由同一個原理支配。哲學為科學不斷提出新的原理，科學則不斷驗證這些原理并為新原理的提出提供依據，從此科學真正走上了康莊大道。
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