新教徒們為了反抗羅馬教皇的權威，勢必要訴諸另一個權威，這個權威就是《圣經》。在他們眼里，那是圣靈鼓舞下，由先知們記錄下來的，是上帝的旨意。套用我們現代的話說，《圣經》是經驗真理的唯一標準，其權威性不容置疑。推到這樣的高度之后，關于《圣經》的討論，基本上沒有什么自由的空間。在這一點上，新教各教派要比天主教會來得極端。所幸的是，新教是造反起家，不像天主教那樣擁有那么大的財富和勢力，組織上也遠沒有天主教會那么嚴密。新教教派的幸存與否，往往要看當地王公貴族的臉色，“神權”必須仰仗“王權”，在政治獨立性上遠不如過去的天主教。在新教地區，往往是王公貴族制止了新教徒們的極端行為。
以《圣經》為最高準繩，自然是相當理想主義，相當響亮的一種叫法。這本《圣經》雖然是在圣靈鼓舞下寫出來的，按理論上說，絕不可能出錯，也絕不可能出現內在矛盾，可是無情的現實卻是，各人有各人的讀法。路德、加爾文可以創造新教義，其他人也有他們各自的解釋與理解，而且后來者還總是認為他們的解釋更加符合《圣經》的本意。有的原本是大家都接受，完全沒有爭議的教會傳統，現在有人細讀《圣經》之后，發現里邊根本就沒有提到過。比如說給新生嬰兒做洗禮，或是三位一體（上帝、基督、圣靈是同一個神），都是教會在后來發展創造出來的。有的則是《圣經》里某些字句段落，拿出來從另一個角度，可以得出另一番解釋。因而，有的人說一夫多妻制合理，在《圣經》舊約中的長老都不只一個老婆。有的在《圣經》里發現譴責私有制的字句，要求廢除私有財產。還有的干脆連婚姻都要廢除，大家隨便組合。
基督教原本有一個圣餐儀式，源自新約中所描述的耶穌與徒弟們的最后晚餐。在餐桌上，當時已經預見自己即將受難的耶穌，將面包分為好幾瓣，說了一句祝福，然后分給了他的徒弟們，說：這是我的身體，為你們而掰開，為的是紀念我。接著，他拿起一杯酒，又說了一句祝福，交給大家輪流喝，說：這是我的血，見證了所立的新約，為的是紀念我。后來教會的圣餐儀式，也要這樣大家一起分吃面包，一起喝酒，面包就是耶穌的肉體，酒就是耶穌的血。古羅馬時期，有些非基督徒不明就理，還以此指控基督徒吃人肉，喝人血。
沒想到的是一千多年之后，宗教改革卻在圣餐這個問題上引發了教會內部，特別是新教內部，各式的爭議。有的人認為這個儀式源自耶穌親口所說的話，絕對沒有問題。有的人卻認為面包里有他的肉體與血，完全是一種迷信的說法，那里邊應該有的只是耶穌的精神。于是針尖對麥芒，二者之間沒有半點可以妥協的余地。一方說，什么肉體與血，那是教皇黨的迷信。另一方說，連耶穌說的話你也不信，這叫褻瀆神靈。
再往下，當然還要衍生出各種儀式上的不同。有的人認為，面包應該是沒發酵過的。有的人認為，應該用水，而不該用酒。有的人認為該用果汁。有的人認為圣餐只有受洗之后才能參與。有的人認為誰都可以參與。就為這些在旁人看來是無聊的問題，新教的各教派之間不但是爭得面紅耳赤，甚至要爭到大打出手。
宗教改革沒過多久，德國爆發了一次大規模的農民起義。起義者的頭領之中，有好幾個路德的早期追隨者。他們比路德更進一步，把神學教義上的反抗，推廣到對政治與社會制度的反抗。當時要依靠王公貴族保護的路德，公開站出來劃清界線，強烈遣責這些起義者，完全站在了鎮壓者的一邊。在這一點上，宗教改革的確只是改革，它只有教義上的革命，對社會進步與政治正義完全沒有關懷，也沒有期望。到此時，路德心里恐怕是免不了失望。他所發起的這宗改革，其進程已經完全不是由他所可以控制，其后果也已經大大出乎他的想像和他所能接受的范圍。
加爾文與路德都是爭論起來極為激烈的性格。據說，加爾文碰到任何對他的教義提出問題的人，都是怒氣沖天，一系列的粗魯詞語會脫口而出，“驢”，“渣滓”，“狗東西”，“蠢才”，“臭氣熏天的野獸”。路德則是另一種風格，他特別喜歡描寫廁所里面看到的那些臟東西。他的爭論文章有不少流傳后世，里邊經常使用這些讓人看后吃不下東西的詞句來形容、攻擊他的對手。
也許這只是個風格問題，跟教義與信仰沒有直接關系。信仰所關注的是內心的世界，無法實驗，難以測量。它最佳的驗證方法，是你的主觀感覺，別人也有，得到別人的認同，因而對信教的人來說，組織特別重要，傳教也特別有滿足感。所以教義的爭論關系到組織，也關系到權威，這是無法馬虎的事情。可是偏偏是主觀的感覺，最容易因人而異，出現不同的理解是最為自然不過的事。路德的革命，從挑戰羅馬教皇的權威開始，其后的發展是他自己的權威也受到各式的挑戰。宗教改革造成天主教會大分裂之后，新教自身也跟著持續這個分裂的過程，造就了數百個不同的新教教派。他們之間相互敵視的程度，不亞于新教與天主教之間的敵對。
說到這里，要再一次提到英國的特殊。在歐陸國家之中，天主教與新教的沖突是宗教改革的主線。在英國，主要的沖突卻來自新教各派之間的敵對。亨利八世改革后的英格蘭教會，雖然將首領從教皇換成國王，在組織與儀式上卻繼承了許多天主教的傳統。到加爾文等人的教義傳到英國的時候，興起了更為理想主義，更為革命的“更新”教派。在他們眼里，英格蘭教會的改革不徹底，留有太多“教皇”黨的痕跡。這些后來被稱為“清教徒”的激進改革派，受到過鎮壓，發起過反抗，后來還要成為十七世紀英國那場血腥內戰的一個重要因素。
這些“清教徒”的一小部分，還成為早期飄洋過海，開懇美國的移民（主要集中在麻省周邊，又稱為“新英格蘭”的美國東北部）。有的美國人會很驕傲地宣稱，“我們的祖先是逃避宗教迫害的清教徒，創建了美國。”一副苦大仇深，心中裝滿追求自由的理想主義的樣子。迫害他們的，不是天主教會，而是屬于新教的英格蘭教會。而且，清教徒到達新英格蘭之后，并沒有造就一個容忍信仰自由的樂土。獲得自由并在殖民地主掌權力的清教徒們，同樣是容不下不同的教義，也同樣去歧視、迫害其它基督教派的信眾。
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