這篇文章可分為兩部分：前一部分描寫蓮花高潔的形象；第二部分則揭示了蓮花的比喻義，分評三花，并以蓮自況，抒發了作者內心深沉的慨嘆。
第一部分，首句“水陸草木之花，可愛者甚蕃。”選用“可愛”二字，包羅群芳，表明托物寄興，并不刻意求工，極見其立言斟酌之妙。
接著敘說“晉陶淵明獨愛菊”。“獨愛菊”，顯示淵明雅致芬芳，傲然物外的性格，而且更加明確了題意：陶淵明可以愛菊抒懷，我怎不可獨愛蓮呢？
繼寫“自李唐來，世人甚愛牡丹”，寫了唐人，大意是周敦頤本人獨愛蓮與晉陶淵明的愛菊避世不同，為保持一份高潔，寧愿終老南山。他要在塵世中當個出淤泥而不染的君子。這種在污世保持清白與獨自避世求真的心態，與眾人皆羨富貴的從眾心態是有著思想境界上本質的區別的。這為愛蓮說所要表達的“出淤泥而不染”作了最好的鋪墊。
然后作者撇開一筆說，讓那些人愛其所愛吧，“予獨愛蓮之出淤泥而不染，濯清漣而不妖，中通外直，不蔓不枝，香遠益清，亭亭凈植，可遠觀而不可褻玩焉”。這一連串鋪敘，對蓮花挺拔秀麗的芳姿，清逸超群的美德，特別是可敬而不可侮慢的嵚崎磊落的風范，作了有力的渲染。實際上，作者借蓮的生長環境，暗諷官場黑暗，指出如果想要官場上保持自己高潔的品格，就如同蓮花出淤泥而不染那么難。周敦頤一生為官正直清廉，數洗冤獄，為民作主；晚年定居廬山，著書明道，潔身自愛，頤養天年，這些都是其身體力行，澹泊明志的體現。
第二部分，作者對三種花象征的不同性格進行了比較和品評：“予謂菊，花之隱逸者也；牡丹，花之富貴者也；蓮，花之君子者也。”本來，花是不具備人格的，但在作者眼里，蓮花近于菊，卻不像菊那樣清高冷傲，似乎是逃避現實的隱者；它更不像牡丹那樣妍麗妖冶，以富貴媚人。蓮花出于污濁現實而不受沾染，受清水洗濯而不顯妖冶，實為百花叢中的賢君子。
最后，作者評花進而對“愛”也作出評價：“噫！菊之愛，陶后鮮有聞；蓮之愛，同予者何人？牡丹之愛，宜乎眾矣！”深深地慨嘆：當今之世真隱者少，有德者寡，而趨炎附勢鉆刺富貴之門的小人比比皆是；這莽莽紅塵，能有幾個志同道合的人，共同去根治這社會痼疾呢？這里先用花進行比喻，讓花的特性喻人，雖平淡，但比喻帖切，然后借花喻人，將陶淵明的避世，世人皆追求榮華富貴的心態描寫的淋漓盡致。他感嘆，是因為世風日下，大多數人皆被世事玷染。
作者通過對蓮花的愛慕與禮贊，表明自己對美好理想的憧憬，對高尚情操的崇奉，對庸劣世態的憎惡。[3]
