應留根瓜，因根瓜結果早，生長時間長，種子飽滿，后代結瓜也早。但長形絲瓜若留根瓜做種瓜，因種瓜過長，常易拖在地面發生腐爛，所以應留瓜藤上架處所結的瓜做種瓜，瓜形以兩端一樣粗的細長絲瓜為好。
培育良種要從培養壯棵開始，留種的絲瓜并不需要單獨成行專門種植，按照常規種植，從中選擇符合留種的植株即可。一般選擇節間短、坐果節位均勻、葉片大小適中、葉柄短、結瓜早、瓜條上下粗細均勻的無病植株作種株。在選好種株后，從培養壯棵著手，通過各種栽培措施，如澆水施肥、整枝落蔓等實現。留種瓜要在莖蔓長到10米時進行，種瓜坐瓜部位前的所有瓜及卷須均要摘除。
人工授粉要適時待種株中上部長出雌花時就要進行人工授粉，一般在早晨8時前進行為宜，因為此時花柱濕潤，容易黏著花粉完成授粉受精過程。選擇種株上開放的雄花，去其花瓣，露出花藥，往雌花柱頭上一抹即可。授粉后要進行打頂摘心，即在絲瓜生長點以下30厘米左右處掐莖打頂，等到側枝長出30厘米左右時，再按照同樣的方法掐莖打頂，以控制植株生長點部位升高，促生側枝，控制植株的營養生長，促進果實的發育。棚內如果沒有放養蜜蜂，不會造成種瓜的串花污染，就沒有必要給瓜條套袋。種株的肥水管理和其他植株一樣。留種瓜要根據種株的長勢，長勢好的每株可留2～3個種瓜，長勢差的留一個中部節位的瓜條即可。
采種以后的處理不同長勢的種株，種瓜成熟期也長短不一，一般在75天左右。當種瓜長度在80～100厘米，瓜條顏色變為黃白色時即可采收，采收時要帶上5厘米長的瓜柄。采收后，把種瓜放置在通風陰涼處自然風干，讓其種子慢慢完成后熟過程。
