1945年8月30日，麥克阿瑟乘坐巴丹號專機來到日本，開始對日本進行統治。
為什么說是統治，因為此時的麥克阿瑟在日本擁有絕對的權力，他領導的盟軍總司令部負責維護日本戰后的秩序、為日本制定新的規則、法律，還掌握著審判日本戰犯、日本天皇的生殺大權。
圖|麥克阿瑟（左）主持日本投降儀式
麥克阿瑟認為日本人會痛恨他，他此次來到日本心中也不免有些緊張，因為日本雖然已經投降，但是日本國內還有數量相當多的軍隊并未解除武裝，盟軍的主力部隊此時也并未登陸并占領日本，他想象的日本人一定對他充滿著仇視的目光，甚至極端的日本軍人會對他開黑槍，但他卻看到了另一番場景。
在行駛去市內的路上，沿途幾十里道路兩側站滿了拿著槍的日本士兵，不同的是當麥克阿瑟的汽車行駛過來時，士兵們紛紛轉過身，背身面向麥克阿瑟的汽車，后來了解到，這個待遇只有日本天皇才能享受到，而這樣的場景正是裕仁親自下令安排的，意在向麥克阿瑟示好。
除此之外，麥克阿瑟所到之處絲毫沒有感受到日本人的仇恨，相反，他卻獲得了英雄般的禮遇，這些都出乎了麥克阿瑟的預料。
雖然剛到日本，還未與日本天皇裕仁見面，但是麥克阿瑟對裕仁的恭順頗為滿意。
9月27日，裕仁到美國大使館會晤麥克阿瑟，這是兩人第一次見面，也是裕仁當了近20年天皇以來，第一次走出皇宮去拜訪客人。
兩人的會晤也留下了合影，照片中麥克阿瑟雙手插背后，極為隨意和威嚴，旁邊站的是身材矮小、衣著嚴謹、表情極不自然的日本天皇裕仁。
圖|麥克阿瑟與日本天皇的合影
關于兩人這次見面，麥克阿瑟極為滿意，據《麥克阿瑟的回憶錄》記載裕仁見到麥克阿瑟直接說道：
“麥克阿瑟將軍，我是作為對我國人進行戰爭時，在政治和軍事方面所采取的一切決定負完全責任人來到這里的，是向你所代表的那些國家投案并接受審判的。”
麥克阿瑟聽完很驚訝，因為他沒想到裕仁會這么說，他在回憶錄中表示自己“很受感動”。麥克阿瑟在回憶錄中記錄了與裕仁第一次見面后的感受：
“對于天皇如此勇敢地承擔一種意味著死刑的責任，我深為感動，一股欽佩之情油然而生。他是一位世襲君主，但在那一刻，我卻感受到了這位日本第一先生的誠意。”
也就是從這個時候開始，麥克阿瑟萌生了一個想法：那就是如果保持日本戰后的穩定以及美國能順利統治日本，那么就要利用裕仁，如果將裕仁當作戰犯處理，麥克阿瑟認為將不利于美軍的統治。
我相信如果天皇被定罪，甚至被作為戰犯處以絞刑，那么盟國將被迫在全日本設立軍政府，而游擊戰爭很可能就無法避免了。有鑒于此，我把天皇從戰犯名單里劃掉了，但天皇本人對這一切并不知曉。——出自《麥克阿瑟回憶錄》
麥克阿瑟的想法其實是毫無道理的，裕仁作為發動戰爭的最大戰犯，卻逃出了審判，那國際公正和道義何在，而且審判裕仁是徹底杜絕日本再次走向戰爭的最徹底方法，可惜，麥克阿瑟卻被日本表面的恭順給迷惑了，并作出了錯誤的決定。
在這樣的想法下，麥克阿瑟走到了正義的對立面，他改變了徹底清算戰犯的想法，并開始琢磨如何避免日本天皇及皇室成員受到處罰。
不知道麥克阿瑟在作出這個決定時，是否想到了珍珠港內葬身日本飛機下的3000名美軍士兵，是否想到了慘烈的硫磺島戰役，更是否想到了被日本侵略的亞洲各國，這些始作俑者正是日本天皇裕仁，可是身為盟軍總司令的麥克阿瑟卻不想著如何伸張正義，卻在苦思冥想著為最大的戰犯脫罪。
麥克阿瑟對日本的統治手段開始出現了轉彎，除了戰犯問題，就連對待靖國神社的問題上麥克阿瑟的做法也違背了初衷。
圖|審判日本甲級戰犯
靖國神社是位于日本東京都千代田區九段北的神社，供奉著自明治維新時代以來為日本戰死的軍人及軍屬，大多數是在日本侵華戰爭及太平洋戰爭中陣亡的日軍官兵，其中還包括14名日本甲級戰犯及眾多乙丙級戰犯。
關于靖國神社，美國人看得很清楚，美國國立公文館保存著一份1944年的美國政府的“戰后計劃委員會”的機密檔案。檔案中寫道：
“靖國神社等神社并非我們所認為的宗教。它們崇拜軍國主義分子，培育了攻擊性的國家主義精神，這樣的神社違反信教自由，應當關閉……”
除此之外，1945年，美國陸軍部下令拍攝了一部影片，叫《認識你的敵人：日本》，影片有這樣的解說：'對于日本人，最高的榮譽就是戰死后被供奉在靖國神社，因為連天皇也會去俯首參拜，所以日本人與其投降倒不如選擇戰死。'
美國的檔案和影片其實已經把靖國神社的本質揭露了出來，那時的美國人對靖國神社也很痛惡，清楚一旦靖國神社得到保留，對日本軍國主義意味著什么，所以美國人對靖國神社的態度，在最初是一致的，那就是必須取締。
所以在美軍進駐日本初期，麥克阿瑟計劃燒毀靖國神社，而且100多名美軍士兵已經帶著汽油進入了靖國神社，只等一聲令下，靖國神社就會灰飛煙滅。
但這個命令麥克阿瑟遲遲沒有下達。
圖|審判日本戰犯
與此同時，美軍的舉動嚇壞了日本人，他們開始想方設法地要保住靖國神社。靖國神社權宮司負責人橫井時常想出一個花招，他決定利用盟總尊重信教自由的政策，以純宗教的姿態維護靖國神社。
1945年11月，橫井親自拜訪盟總宗教科科長巴斯，提出了靖國神社由國家神社變為宗教廟宇的方案，為誘使盟總接受該方案，橫井甚至提出，可以考慮將靖國神社一帶變成以學生為主要服務對象的娛樂一條街，設立劇場、音樂廳、美術館等。此外，日本軍國主義分子還煽動由戰爭遺孤組成遺族會向盟總遞交請愿書，希望盟總保留靖國神社。
橫井的障眼法最終騙過了巴斯，巴斯對橫井的方案大加贊賞，并提交給了麥克阿瑟。
注意，此時的麥克阿瑟已經被日本人恭順所迷惑，而且在麥克阿瑟的心中，已經不再堅持徹底清算日本戰犯，所以他的建議也是保留靖國神社，并以盟軍總司令部的名義向美國政府建議：“應該保留靖國神社，廢止恐怕反而會增加事端。”這個建議得到了美國政府的認可。
麥克阿瑟不僅同意保留靖國神社，還同意日本政府在靖國神社舉行大祭，是的，你沒有看錯，身為盟軍總司令的麥克阿瑟竟然同意日本以國家公祭的形式，公然在靖國神社為戰犯進行祭祀，是不是很荒唐。
1945年11月20日，在盟總的監視下，靖國神社舉行了大祭，這是日本戰敗后的第一次，也是最后一次由國家主持的大祭。日本天皇裕仁和首相幣原喜重郎為首的政府各級官員以及日軍代表參加了大祭，參拜者人數達到3萬人。
很難想象，這樣的場景竟然發生在日本向同盟國投降之后，這根本不是戰敗國該有的舉動，
圖|14名日本甲級戰犯
毫無疑問，出于自身利益，麥克阿瑟和美國政府在對待日本軍國主義遺留的態度上步步妥協。
1945年12月15日，麥克阿瑟發布指令，宣布廢除日本的神道教，但這條指令卻同意靖國神社繼續存在，靖國神社終于逃過了滅頂之災，美國士兵的汽油終究是白準備了。
1946年，盟軍司令部再次發布命令，禁止日本天皇參拜靖國神社，卻沒有禁止日本政要參拜。
之后，在中、蘇等國的強烈要求下，美軍用水泥將靖國神社內紀念日軍侵略戰爭的13米高的大石燈籠抹平，不過并沒有撤出神社中供奉戰爭亡靈的靈位，而這些靈位，直到現在都是日本右翼分子的精神支柱。
日本投降后，很多日本人都認為日本將亡國，但誰也沒想到日本不僅在戰犯問題上沒有被清算，就連精神信仰的靖國神社也得到了保留。
為什么美國一意孤行，堅持保留靖國神社，盟軍總司令宗教科科長巴斯后來在接受日本NHK電視臺采訪時回憶說：“繼續制裁日本，不是我們的愿望，那時的日本，正按照我們的期望在行動。”
圖|東條英機的孫女東條由布子
美國政府的行為實際上是縱容了日本，靖國神社供奉著眾多日本戰犯，沒有將其徹底燒掉，就意味著沒有從精神上徹底清除軍國主義殘留，使得靖國神社長時間成為日本不法分子的精神所在地（東條英機的孫女東條由布子就經常拿著東條英機的照片到靖國神社，意圖為戰犯翻案），而這些都是美國出于自身利益故意留下的隱患。
參考資料：高嵐：《靖國神社的幽靈》，軍事科學出版社2002年1月版；《麥克阿瑟回憶錄》
